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【求助】lammps中多元化合物的晶格創(chuàng)建問題 已有9人參與
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lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 我想創(chuàng)建一個二元化合物，建立了一個晶格，晶格中有四個basis，我想在第1個和第2個的basis上創(chuàng)建A原子，在3、4上創(chuàng)建B原子，我上邊的代碼卻始終不成功，The Fuc*ing Manual 上寫的create_atoms 中basis的參數(shù)是： basis values = M itype M = which basis atom itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom 我不知道我是哪里錯了，新人，望大家指教，謝謝! |
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2樓2010-05-08 21:29:48
老虎大王
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+8):謝謝 2010-05-10 08:23:47
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ghcacj(金幣+8):謝謝 2010-05-10 08:23:47
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好的。 你搞的是GaN，建立的是一個六方的晶格，。原子位置的設(shè)置是正確的。晶格尺寸不是實驗值，因為你要 研究晶格尺寸的變化，是的吧？ 我對你這個script有這樣幾個評論： 一、 首先 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 這樣的用法是錯誤的。 請看Manual中create_atoms的說明： For the box style, the create_atoms command fills the entire simulation box with atoms on the lattice. 我測試了 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 1 box 這兩個語句，結(jié)果都是一樣的。說明后面的basis好像不起作用。我不知道這是程序的bug還是這個地方確實不能用box。 反正，經(jīng)測試，create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 這一句中，不能用box，而要用region。 二、你改了上述錯誤之后（即把這兩句中的box 改成region box，其中后面的box是region的ID），仍然 會發(fā)現(xiàn)有問題。因為生成的原子個數(shù)不對。這是為什么呢？ 你看你的script，其中有： region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box 這兩句。 系統(tǒng)執(zhí)行了以后，返回的信息是：Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922)， 這說明你生成的是一個方盒子。實際上，你要的盒子是個什么盒子呢？你是六角晶系，當(dāng)然應(yīng)是一個平行 六面體（你可以照著你自己寫的lattice語句，在紙上畫畫）。 所以，你region box block 0 3 0 3 0 3這一句當(dāng)中的style用bolck也是不對的，正確的設(shè)置應(yīng)該用 prism,至于如何用，請你讀Manual。 以上意見供參考。若仍有問題，可以繼續(xù)討論。 |
5樓2010-05-09 21:33:59
7樓2010-05-21 00:59:29
huanyingst
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13樓2015-06-25 14:57:59
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首先謝謝上邊的回復(fù)，我的模擬是要對晶格的尺寸做變化的，其實在我正式模擬的in文件中晶格參數(shù)里面是有變量的，所以我的原子坐標(biāo)沒有采用read_data讀入，上邊貼出的代碼只是我做測試用的，經(jīng)過測試后發(fā)現(xiàn)是create_atoms命令使用不正確，下邊是我測試的代碼，運行時沒有問題的，我的box當(dāng)中原則上只有162個basis，可是由運行的結(jié)果來看兩個create_atoms都創(chuàng)建了162個atoms，共324個atoms，第一個creat_atoms我是想讓他在在第一種和第二種類型的basis上創(chuàng)建Ga原子上，第一種類型和第二種類型的basis加起來才162/2個，可是他卻創(chuàng)建了162個，所以我想請問大家create_atoms帶basis參數(shù)的命令應(yīng)該是怎么用，謝謝！ units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.66666666 67 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) 1 by 1 by 1 processor grid create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 Created 162 atoms create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 Created 162 atoms pair_style tersoff pair_coeff * * GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 0 Memory usage per processor = 1.831 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan Loop time of 0 on 1 procs for 0 steps with 324 atoms Pair time (%) = 0 (0) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 0 (0) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0 (0) Nlocal: 324 ave 324 max 324 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1188 ave 1188 max 1188 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 17364 ave 17364 max 17364 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 17364 Ave neighs/atom = 53.5926 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 |
3樓2010-05-09 12:47:27
老虎大王
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8樓2012-06-16 23:24:06
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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我剛剛把lz的lammps輸入文件按照老虎大王的建議修改了一下，貼出來如下。 units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box prism 0 3 0 3 0 3 1 0 0 create_box 2 box create_atoms 1 region box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 region box basis 3 2 basis 4 2 pair_style tersoff pair_coeff * * ../../potentials/GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 1 運行結(jié)果如下： LAMMPS (5 Mar 2012) Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 Created triclinic box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) with tilt (2.68814 0 0) 1 by 1 by 1 MPI processor grid Created 150 atoms Created 150 atoms WARNING: No fixes defined, atoms won't move (verlet.cpp:52) Setting up run ... Memory usage per processor = 2.08799 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan 1 0 nan 0 nan nan Loop time of 0.013598 on 1 procs for 1 steps with 300 atoms Pair time (%) = 0.0132082 (97.1333) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 1.00136e-05 (0.0736403) Outpt time (%) = 0.000373125 (2.74398) Other time (%) = 6.67572e-06 (0.0490935) Nlocal: 300 ave 300 max 300 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1068 ave 1068 max 1068 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 15132 ave 15132 max 15132 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 15132 Ave neighs/atom = 50.44 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 這個結(jié)果里面有300個原子，不是lz所說的162＊2個原子。而且貌似沒有在一個晶胞中定義成功2個原子。 誰給看看！ 謝謝 |
9樓2012-06-16 23:55:26
xinmaoqin
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10樓2012-11-21 20:06:45
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