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【求助】lammps中多元化合物的晶格創(chuàng)建問題 已有9人參與
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lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 我想創(chuàng)建一個二元化合物，建立了一個晶格，晶格中有四個basis，我想在第1個和第2個的basis上創(chuàng)建A原子，在3、4上創(chuàng)建B原子，我上邊的代碼卻始終不成功，The Fuc*ing Manual 上寫的create_atoms 中basis的參數(shù)是： basis values = M itype M = which basis atom itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom 我不知道我是哪里錯了，新人，望大家指教，謝謝! |
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7樓2010-05-21 00:59:29
老虎大王
木蟲 (著名寫手)
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2樓2010-05-08 21:29:48
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首先謝謝上邊的回復(fù)，我的模擬是要對晶格的尺寸做變化的，其實(shí)在我正式模擬的in文件中晶格參數(shù)里面是有變量的，所以我的原子坐標(biāo)沒有采用read_data讀入，上邊貼出的代碼只是我做測試用的，經(jīng)過測試后發(fā)現(xiàn)是create_atoms命令使用不正確，下邊是我測試的代碼，運(yùn)行時(shí)沒有問題的，我的box當(dāng)中原則上只有162個basis，可是由運(yùn)行的結(jié)果來看兩個create_atoms都創(chuàng)建了162個atoms，共324個atoms，第一個creat_atoms我是想讓他在在第一種和第二種類型的basis上創(chuàng)建Ga原子上，第一種類型和第二種類型的basis加起來才162/2個，可是他卻創(chuàng)建了162個，所以我想請問大家create_atoms帶basis參數(shù)的命令應(yīng)該是怎么用，謝謝！ units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.66666666 67 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) 1 by 1 by 1 processor grid create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 Created 162 atoms create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 Created 162 atoms pair_style tersoff pair_coeff * * GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 0 Memory usage per processor = 1.831 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan Loop time of 0 on 1 procs for 0 steps with 324 atoms Pair time (%) = 0 (0) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 0 (0) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0 (0) Nlocal: 324 ave 324 max 324 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1188 ave 1188 max 1188 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 17364 ave 17364 max 17364 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 17364 Ave neighs/atom = 53.5926 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 |
3樓2010-05-09 12:47:27
老虎大王
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4樓2010-05-09 21:13:29
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