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【求助】【求助】UFF方法計(jì)算吡啶咋分子篩上吸附時(shí)遇到的問題 已有2人參與
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我想計(jì)算吡啶在不同分子篩上的吸附情況，采用的是ONIOM方法計(jì)算。算了兩組數(shù)據(jù)。方法一，是高層用B3LYP/6-31G(D,P)，低層用UFF方法計(jì)算。方法二，高層仍然是B3LYP/6-31G(D,P)，而低層用的HF/3-21G。這兩種方法計(jì)算出來的情況差別很大，方法一計(jì)算的吡啶沒有吸附在分子篩上，而方法二計(jì)算的吡啶吸附在分子篩上。我想了解是不是我UFF計(jì)算方法沒有掌握？用UFF計(jì)算時(shí)，有什么特殊的需要注意的地方嗎？下面發(fā)一個(gè)我UFF方法計(jì)算時(shí)的GJF文件，有什么需要修改的地方，麻煩各位高手給我指出來，我是新手。先謝謝大家了。 %chk=1.chk %nproc=4 # opt oniom(b3lyp/6-31g(d,p):uff) Title Card Required 0 1 0 1 0 1 Si-Si3 -1 5.290513 0.237391 -1.653364 L Si-Si3 -1 4.374513 -2.626609 -2.417364 L Si-Si3 0 1.844513 -4.325609 -1.554364 H O-O_3 -1 4.522513 -1.108609 -2.001364 L O-O_3 -1 2.912513 -3.182609 -1.957364 L H-H_ 3 H-H_ -1 2.332513 -5.685609 -1.738364 H H-H_ -1 5.428513 -3.352609 -1.672364 L H-H_ -1 4.323513 -2.601609 -3.896364 L H-H_ -1 6.580513 0.035391 -2.350364 L Si-Si3 -1 -2.774487 -2.882609 -4.443364 L Si-Si3 -1 -0.148487 -4.335609 -3.821364 H H-H_ -1 -3.775487 -3.766609 -3.806364 L O-O_3 -1 -1.350487 -3.293609 -3.806364 L H-H_ 11 H-H_ -1 -0.773487 -5.657609 -4.050364 H H-H_ -1 -2.912487 -3.093609 -5.901364 L O-O_3 0 0.466513 -4.242609 -2.342364 H H-H_ -1 0.896513 -4.267609 -4.866364 H O-O_3 -1 -3.026487 -1.372609 -4.179364 L Si-Si3 -1 -4.052487 0.003391 3.701636 L Si-Si3 -1 -3.066487 2.861391 4.296636 L Si-Si3 -1 -0.583487 4.468391 3.635636 L O-O_3 -1 -3.283487 1.387391 3.558636 L O-O_3 -1 -1.700487 3.370391 3.614636 L H-H_ -1 -1.270487 5.776391 3.544636 L H-H_ -1 -4.241487 3.668391 3.901636 L H-H_ -1 -3.083487 2.743391 5.771636 L O-O_3 -1 -4.856487 -0.032609 2.398636 L H-H_ -1 -5.027487 -0.270609 4.780636 L Si-Si3 -1 -6.140487 0.071391 1.454636 L Si-Si3 -1 4.100513 3.017391 2.277636 L Si-Si3 -1 1.550513 4.572391 1.368636 L H-H_ -1 -6.593487 1.428391 1.833636 L H-H_ -1 5.143513 3.809391 1.588636 L H-H_ -1 -7.193487 -0.954609 1.621636 L O-O_3 -1 2.708513 3.607391 2.017636 L H-H_ -1 1.971513 5.988391 1.449636 L H-H_ -1 4.182513 3.298391 3.728636 L H-H_ -1 0.290513 4.399391 4.827636 L O-O_3 -1 0.317513 4.144391 2.334636 L O-O_3 -1 4.311513 1.543391 1.786636 L Si-Si3 -1 -4.028487 -0.137609 -3.847364 L Si-Si3 -1 -3.038487 2.696391 -4.541364 L Si-Si3 -1 -0.560487 4.328391 -3.925364 L O-O_3 -1 -3.261487 1.251391 -3.750364 L O-O_3 -1 -1.677487 3.231391 -3.870364 L H-H_ -1 -1.088487 5.708391 -3.857364 L H-H_ -1 -4.125487 3.627391 -4.162364 L H-H_ -1 -2.906487 2.602391 -6.012364 L O-O_3 -1 -4.841487 -0.124609 -2.548364 L H-H_ -1 -5.025487 -0.469609 -4.889364 L Si-Si3 -1 -6.131487 0.014391 -1.616364 L Si-Si3 -1 4.114513 2.929391 -2.485364 L Si-Si3 -1 1.559513 4.516391 -1.650364 L H-H_ -1 -6.584487 1.374391 -1.984364 L H-H_ -1 5.213513 3.636391 -1.790364 L H-H_ -1 -7.183487 -1.017609 -1.752364 L O-O_3 -1 2.721513 3.527391 -2.256364 L H-H_ -1 2.096513 5.894391 -1.705364 L H-H_ -1 4.212513 2.981391 -3.961364 L H-H_ -1 0.442513 4.241391 -5.010364 L O-O_3 -1 0.332513 4.052391 -2.608364 L O-O_3 -1 4.322513 1.473391 -1.938364 L Si-Si3 -1 5.280513 0.297391 1.553636 L Si-Si3 -1 4.360513 -2.536609 2.417636 L Al-Al3 0 1.856513 -4.314609 1.695636 H O-O_3 -1 4.510513 -1.035609 1.945636 L O-O_3 0 2.964513 -3.120609 1.895636 L H-H_ 65 H-H_ -1 2.445513 -5.653609 1.961636 H H-H_ -1 5.417513 -3.289609 1.706636 L H-H_ -1 4.299513 -2.456609 3.894636 L H-H_ -1 6.618513 0.326391 2.186636 L Si-Si3 -1 -2.801487 -2.717609 4.407636 L Si-Si3 -1 -0.172487 -4.192609 3.855636 H H-H_ -1 -3.720487 -3.702609 3.791636 L O-O_3 -1 -1.374487 -3.152609 3.794636 L H-H_ 73 H-H_ -1 -0.798487 -5.505609 4.130636 H H-H_ -1 -2.767487 -2.859609 5.879636 L O-O_3 0 0.304513 -4.170609 2.327636 H H-H_ -1 0.866513 -4.085609 4.904636 H O-O_3 -1 -3.051487 -1.218609 4.085636 L O-O_3 -1 5.559513 0.470391 -0.053364 L O-O_3 0 1.217513 -4.116609 -0.029364 H O-O_3 -1 1.064513 4.677391 -0.145364 L O-O_3 -1 -5.709487 -0.023609 -0.078364 L H-H_ 0 0.349513 -3.678609 0.032636 H H-H_ 0 -1.197487 -3.204609 2.335636 H C-C_3 0 -1.047487 -2.337609 1.684636 H C-C_3 0 -1.854487 -1.213609 1.827636 H C-C_3 0 -1.664487 -0.111609 0.998636 H C-C_3 0 -0.668487 -0.134609 0.028636 H C-C_3 0 0.137513 -1.259609 -0.114364 H N-N_3 0 -0.051487 -2.360609 0.713636 H H-H_ 0 -0.519487 0.732391 -0.623364 H H-H_ 0 -2.637487 -1.195609 2.591636 H H-H_ 0 -2.298487 0.773391 1.111636 H H-H_ 0 0.921513 -1.277609 -0.878364 H 不勝感激  [ Last edited by pottery1314 on 2010-5-10 at 11:08 ] |
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yzcluster(金幣+2): 2010-05-12 17:59:34
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yzcluster(金幣+2): 2010-05-12 17:59:34
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在你的GJF文件里, UFF設(shè)置至少有兩處不妥當(dāng): 1. O原子的類型應(yīng)該統(tǒng)一為O_3_z, 這是專用于分子篩的原子類型. 2. 對(duì)于你這個(gè)體系, 必須指定分?jǐn)?shù)電荷, QEQ可能會(huì)是一個(gè)選擇, 但不會(huì)是一個(gè)好的選擇, Gaussian里的QEQ優(yōu)化有些tricky, 同時(shí)ONIOM的靜電嵌入處理挺臟的. 建議你低層用QM方法, 至少可以試試MNDO, 雖然結(jié)果未必會(huì)好到哪里去, 但誤差還是可控的. |
4樓2010-05-12 13:35:53
2樓2010-05-12 11:15:44
ybyygu
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3樓2010-05-12 13:28:27
5樓2010-05-12 16:11:52
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