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[交流]
【求助】蛋白質(zhì)的RMSD均方根差指的是什么 已有6人參與
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the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差，近期看了篇蛋白質(zhì)進(jìn)入碳納米管的文章，里面有一個(gè)蛋白質(zhì)的rmsd示意圖，用的軟件是namd， 我想問(wèn)一下，這里的均方根差代表的物理圖像是什么啊，指的是蛋白質(zhì)質(zhì)心運(yùn)動(dòng)對(duì)蛋白質(zhì)質(zhì)心坐標(biāo)平均值的離散度，還是各蛋白質(zhì)殘基坐標(biāo)對(duì)質(zhì)心的坐標(biāo)離散度��？ 謝謝參與和指點(diǎn)啊 |
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4樓2010-05-12 21:18:28
yalefield
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-12 13:19:35
574384607(金幣+3): 2010-05-12 15:37:03
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-12 13:19:35
574384607(金幣+3): 2010-05-12 15:37:03
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簡(jiǎn)單地說(shuō)，就是蛋白質(zhì)上的原子們，在各個(gè)時(shí)間上的位置的變化情況。 原子i在t1時(shí)的位置 - 原子i在t2時(shí)的位置，得到原子i的位置變化 計(jì)算其平方 ..... 把多個(gè)原子(i=1...N)的這個(gè)平方，都加起來(lái) 除以原子數(shù)，得到所謂“均方” 開(kāi)方 搞成平方，是為了避免出現(xiàn)負(fù)值 再開(kāi)方，是為了得到長(zhǎng)度的量綱 一種簡(jiǎn)單的小技巧而已 你也可以自己發(fā)明類(lèi)似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2樓2010-05-12 12:04:17
3樓2010-05-12 15:44:03
yalefield
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袁曙光的博客
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-13 09:38:57
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-13 09:38:57
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http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=277393 ---> 用來(lái)表是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間差異的參數(shù)是兩個(gè)結(jié)構(gòu)之間原子位置的 RMSD。 ---> 計(jì)算RMSD時(shí)，可以針對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)(如: 所有的原子、骨干部份或只考慮 alpha 碳原子等等)。不同的標(biāo)準(zhǔn)，計(jì)算RMSD的數(shù)值會(huì)有所差異。 ---> RMSD 距離函數(shù)，以一個(gè)結(jié)構(gòu)中的原子與另外一個(gè)結(jié)構(gòu)中對(duì)應(yīng)原子為計(jì)算標(biāo)的，因此，如果兩個(gè)分子在座標(biāo)系統(tǒng)中以不同的位置開(kāi)始計(jì)算，那么不管其結(jié)構(gòu)是否相似，這兩者之間的 RMSD 必定相當(dāng)大。也因?yàn)檫@樣，我們?yōu)榱艘?jì)算有意義的 RMSD ，兩者的結(jié)構(gòu)要盡可能的重疊。 對(duì)于docking而言，如果有reference ligand，一般不需要額外的重疊，否則會(huì)有偽造數(shù)據(jù)之嫌。 ---> 可以通過(guò)計(jì)算 RMSD 來(lái)當(dāng)作評(píng)估蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的可信度: 在模擬過(guò)程中，分子會(huì)不斷的發(fā)生變化，而對(duì)于我們而言，必須等到分子結(jié)構(gòu)在穩(wěn)定的狀態(tài)下(fluctuation較小時(shí))再進(jìn)一步進(jìn)行分析，這樣才比較有意義。 對(duì)于序列和長(zhǎng)度不同的蛋白結(jié)構(gòu)，比較RMSD似乎意義不大。 對(duì)于存在序列和長(zhǎng)度差異的蛋白，首先我們不知道軟件本身在計(jì)算RMSD的時(shí)候究竟采用了何種計(jì)算方法：所有原子？骨架部分？還是CA？這樣就很難給我們一個(gè)明確的概念。 另外，對(duì)于長(zhǎng)短不一的蛋白，軟件首先會(huì)對(duì)序列進(jìn)行比較，本身比對(duì)的方法不同，顯然會(huì)給后面的結(jié)果帶來(lái)影響。 對(duì)于長(zhǎng)短不一的蛋白，軟件究竟取多少殘基作為計(jì)算RMSD的對(duì)象，我們也無(wú)從知道。 所以，對(duì)于不是同一個(gè)蛋白的RMSD的計(jì)算，其中的不確定性比較多，計(jì)算出來(lái)的結(jié)果只能作為參考，給我們一個(gè)大概的概念。 |
5樓2010-05-13 00:22:35
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