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souledge專家顧問 (著名寫手)
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[交流]
【已解決】如何非周期替換原子 已有7人參與
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有Fm-3m（225號）結(jié)構(gòu)的鎳晶體，現(xiàn)在想在Ni中添加Co，配比為1:1。檢查了ICSD，結(jié)構(gòu)還是Fm-3m，并且每一個(0,0,0)位置上，Co和Ni出現(xiàn)的幾率完全一樣。 雖然用虛晶的方式可以很方便的建立模型，但是虛晶狀態(tài)下，很多計算無法進行。 所以現(xiàn)在想通過計算，找到一個Co-Ni最低能量時的結(jié)構(gòu)作為穩(wěn)定結(jié)構(gòu)繼續(xù)后面的模擬計算。但是這時問題出來了~比如考慮同類原子盡量分散，可以有這樣的結(jié)構(gòu)：  可是如果替換，則會把所有的Ni都替換為Co。即使Make P1后，改變一個頂角Ni，所有頂角都會變?yōu)镃o~同樣的，如果改變一個面心Ni，所有面心也會變成Co…… 再然后又考慮在白板上直接計算原子的坐標(biāo)位置，使用Add Atom的方法建立一個同樣結(jié)構(gòu)的原子堆積：  卻又因為不是周期結(jié)構(gòu)，無法進行CASTEP的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，事實上是顯然不能使用任何CASTEP的計算……而用DMol3計算時，意外發(fā)現(xiàn)D版的MS 4.3居然也會DMol3過期……相當(dāng)無語……  呃~又扯背景扯多了……中心意思是~如何能夠徹底取消一個晶體結(jié)構(gòu)中的對稱性，做到想修改哪個原子的元素就修改哪個呢……在MS中還有沒有希望做到呢……[ Last edited by souledge on 2010-5-14 at 23:23 ] |
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acridine
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gavinliu7390(金幣+3):謝謝提示！ 2010-05-14 07:24:46
souledge(金幣+3):超胞的頂點還是改不了……不過似乎有點思路了~向NaCl看齊~ 2010-05-14 22:35:56
souledge(金幣+1):成功使用2 x 2 x 2的超胞建立成功了~非常感謝 2010-05-14 23:16:35
gavinliu7390(金幣+3):謝謝提示！ 2010-05-14 07:24:46
souledge(金幣+3):超胞的頂點還是改不了……不過似乎有點思路了~向NaCl看齊~ 2010-05-14 22:35:56
souledge(金幣+1):成功使用2 x 2 x 2的超胞建立成功了~非常感謝 2010-05-14 23:16:35
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八個頂點上是同一個原子的周期鏡像，當(dāng)然同時被替換了！ 簡單的說，比如簡單立方吧，單胞中只有一個原子，雖然顯示上看有八個頂點，但每個頂點被八個立方胞分享，因此每個單胞還是一個原子的。對于這樣一個原子的原胞，你若替代必然體系中所有原子都同時改變。想強迫這“八個原子”其中的某個改變是不可能的，因為模型中只有一個原子，不可能實現(xiàn)取代1/8個原子。若想實現(xiàn)1/8的取代比例，只有將8個單胞組合成超胞再替代其中的一個原子。 至于面心，如果make p1，那么改變一個面心原子，在“視覺”上會同時改變兩個面心原子。因為這兩個實際上是同一個原子（與頂點類似，每個面心原子被兩個立方胞共享，因此雖然視覺上體系有六個面心原子，實際單胞內(nèi)只有三個面心原子） 至于所說的add原子的方法，那么不是建立晶體了，而是原子團簇，應(yīng)該不是你所需要的 另外虛晶近似可以用CASTEP實現(xiàn)，至于準(zhǔn)確性嘛，看文獻介紹吧。 另外DMol如果提示過期，而不是提示版權(quán)的問題，那么是補丁的問題，去MS官網(wǎng)下個4.3的補丁安裝上就可以了，但還是那句話，那樣建立的是團簇，應(yīng)該不是你需要的 [ Last edited by acridine on 2010-5-14 at 05:22 ] |
2樓2010-05-14 05:18:40
franch
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感謝二樓的提醒。之前一直覺得超胞太大，看著眼暈，也沒有很詳細的修改思路，所以也沒嘗試。在二樓提醒下，突然意識到了空間群還有個平移對稱問題，所以利用這個特點，就成功建立了一個交錯的Ni-Co結(jié)構(gòu)了~雖然這個結(jié)構(gòu)過分理想，夠嗆現(xiàn)實存在，但是畢竟還是提供了一個解決思路。
4樓2010-05-14 23:22:30
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