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souledge專家顧問 (著名寫手)
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【已解決】如何非周期替換原子 已有7人參與
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有Fm-3m（225號）結(jié)構(gòu)的鎳晶體，現(xiàn)在想在Ni中添加Co，配比為1:1。檢查了ICSD，結(jié)構(gòu)還是Fm-3m，并且每一個(gè)(0,0,0)位置上，Co和Ni出現(xiàn)的幾率完全一樣。 雖然用虛晶的方式可以很方便的建立模型，但是虛晶狀態(tài)下，很多計(jì)算無法進(jìn)行。 所以現(xiàn)在想通過計(jì)算，找到一個(gè)Co-Ni最低能量時(shí)的結(jié)構(gòu)作為穩(wěn)定結(jié)構(gòu)繼續(xù)后面的模擬計(jì)算。但是這時(shí)問題出來了~比如考慮同類原子盡量分散，可以有這樣的結(jié)構(gòu)：  可是如果替換，則會(huì)把所有的Ni都替換為Co。即使Make P1后，改變一個(gè)頂角Ni，所有頂角都會(huì)變?yōu)镃o~同樣的，如果改變一個(gè)面心Ni，所有面心也會(huì)變成Co…… 再然后又考慮在白板上直接計(jì)算原子的坐標(biāo)位置，使用Add Atom的方法建立一個(gè)同樣結(jié)構(gòu)的原子堆積：  卻又因?yàn)椴皇侵芷诮Y(jié)構(gòu)，無法進(jìn)行CASTEP的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，事實(shí)上是顯然不能使用任何CASTEP的計(jì)算……而用DMol3計(jì)算時(shí)，意外發(fā)現(xiàn)D版的MS 4.3居然也會(huì)DMol3過期……相當(dāng)無語……  呃~又扯背景扯多了……中心意思是~如何能夠徹底取消一個(gè)晶體結(jié)構(gòu)中的對稱性，做到想修改哪個(gè)原子的元素就修改哪個(gè)呢……在MS中還有沒有希望做到呢……[ Last edited by souledge on 2010-5-14 at 23:23 ] |
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acridine
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gavinliu7390(金幣+3):謝謝提示！ 2010-05-14 07:24:46
souledge(金幣+3):超胞的頂點(diǎn)還是改不了……不過似乎有點(diǎn)思路了~向NaCl看齊~ 2010-05-14 22:35:56
souledge(金幣+1):成功使用2 x 2 x 2的超胞建立成功了~非常感謝 2010-05-14 23:16:35
gavinliu7390(金幣+3):謝謝提示！ 2010-05-14 07:24:46
souledge(金幣+3):超胞的頂點(diǎn)還是改不了……不過似乎有點(diǎn)思路了~向NaCl看齊~ 2010-05-14 22:35:56
souledge(金幣+1):成功使用2 x 2 x 2的超胞建立成功了~非常感謝 2010-05-14 23:16:35
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八個(gè)頂點(diǎn)上是同一個(gè)原子的周期鏡像，當(dāng)然同時(shí)被替換了！ 簡單的說，比如簡單立方吧，單胞中只有一個(gè)原子，雖然顯示上看有八個(gè)頂點(diǎn)，但每個(gè)頂點(diǎn)被八個(gè)立方胞分享，因此每個(gè)單胞還是一個(gè)原子的。對于這樣一個(gè)原子的原胞，你若替代必然體系中所有原子都同時(shí)改變。想強(qiáng)迫這“八個(gè)原子”其中的某個(gè)改變是不可能的，因?yàn)槟Ｐ椭兄挥幸粋�(gè)原子，不可能實(shí)現(xiàn)取代1/8個(gè)原子。若想實(shí)現(xiàn)1/8的取代比例，只有將8個(gè)單胞組合成超胞再替代其中的一個(gè)原子。 至于面心，如果make p1，那么改變一個(gè)面心原子，在“視覺”上會(huì)同時(shí)改變兩個(gè)面心原子。因?yàn)檫@兩個(gè)實(shí)際上是同一個(gè)原子（與頂點(diǎn)類似，每個(gè)面心原子被兩個(gè)立方胞共享，因此雖然視覺上體系有六個(gè)面心原子，實(shí)際單胞內(nèi)只有三個(gè)面心原子） 至于所說的add原子的方法，那么不是建立晶體了，而是原子團(tuán)簇，應(yīng)該不是你所需要的 另外虛晶近似可以用CASTEP實(shí)現(xiàn)，至于準(zhǔn)確性嘛，看文獻(xiàn)介紹吧。 另外DMol如果提示過期，而不是提示版權(quán)的問題，那么是補(bǔ)丁的問題，去MS官網(wǎng)下個(gè)4.3的補(bǔ)丁安裝上就可以了，但還是那句話，那樣建立的是團(tuán)簇，應(yīng)該不是你需要的 [ Last edited by acridine on 2010-5-14 at 05:22 ] |
2樓2010-05-14 05:18:40
franch
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感謝二樓的提醒。之前一直覺得超胞太大，看著眼暈，也沒有很詳細(xì)的修改思路，所以也沒嘗試。在二樓提醒下，突然意識到了空間群還有個(gè)平移對稱問題，所以利用這個(gè)特點(diǎn)，就成功建立了一個(gè)交錯(cuò)的Ni-Co結(jié)構(gòu)了~雖然這個(gè)結(jié)構(gòu)過分理想，夠嗆現(xiàn)實(shí)存在，但是畢竟還是提供了一個(gè)解決思路。
4樓2010-05-14 23:22:30
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