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xiaowu787木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】LAMMPS－REAX計(jì)算出錯(cuò) 已有2人參與
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剛學(xué)REAX，想自己做個(gè)輸入文件測試一下，結(jié)果出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： LAMMPS (24 Apr 2010) Reading data file ... orthogonal box = (0 0 0) to (3 8 2) 1 by 2 by 1 processor grid 4 atoms Error or end-of-file reading unit 4 on line: 55 rank 0 in job 268 pc07_59580 caused collective abort of all ranks exit status of rank 0: killed by signal 9 應(yīng)該是輸入文件沒有讀完就出現(xiàn)這個(gè)錯(cuò)誤，請高手幫忙看看哪里存在錯(cuò)誤？ 由于只是為了測試，就做了一個(gè)1＊1＊1的MoO3的單胞。現(xiàn)在只是想測試程序的正常運(yùn)算，力場里的數(shù)據(jù)可能不正確。 in文件 # this run is equivalent to GRASP testtatb units real atom_style charge read_data data.mo pair_style reax 10.0 1.0e-6 pair_coeff * * ffield.reax 1 2 neighbor 1.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes fix 1 all nve #Run one minimization to settle the lattice min_style cg minimize 1.0e-6 1.0e-6 100000 1000000 #print the entire lattice dump startdump all atom 2 autest.dump run 100 #but we only wanted printed out now undump startdump data 文件 #Position data for MoO3, 1 molecules 4 atoms 2 atom types 0.0 3.0 xlo xhi 0.0 8.0 ylo yhi 0.0 2.0 zlo zhi Masses 1 15.9990 2 95.9400 Atoms 1 1 0 1.72382 6.02831 0.92410 2 2 0 0.39584 1.40822 0.92410 3 1 0 2.06541 1.19984 0.92410 4 1 0 0.14781 3.06749 0.92410 ffield文件 Reactive MD-force field 39 ! Number of general parameters 50.0000 !Overcoordination parameter 9.5469 !Overcoordination parameter 127.8302 !Valency angle conjugation parameter 3.0000 !Triple bond stabilisation parameter 6.5000 !Triple bond stabilisation parameter 0.0000 !C2-correction 1.0496 !Undercoordination parameter 9.0000 !Triple bond stabilisation parameter 11.5054 !Undercoordination parameter 13.4059 !Undercoordination parameter 0.0000 !Triple bond stabilization energy 0.0000 !Lower Taper-radius 10.0000 !Upper Taper-radius 2.8793 !Not used 33.8667 !Valency undercoordination 7.0994 !Valency angle/lone pair parameter 1.0563 !Valency angle 2.0384 !Valency angle parameter 6.1431 !Not used 6.9290 !Double bond/angle parameter 0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord 3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord -2.4837 !Not used 5.7796 !Torsion/BO parameter 10.0000 !Torsion overcoordination 1.9487 !Torsion overcoordination -1.2327 !Conjugation 0 (not used) 2.1645 !Conjugation 1.5591 !vdWaals shielding 0.1000 !Cutoff for bond order (*100) 2.0038 !Valency angle conjugation parameter 0.6121 !Overcoordination parameter 1.2172 !Overcoordination parameter 1.8512 !Valency/lone pair parameter 0.5000 !Not used 20.0000 !Not used 5.0000 !Molecular energy (not used) 0.0000 !Molecular energy (not used) 3.6942 !Valency angle conjugation parameter 2 ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;# alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u. cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u. ov/un;val1;n.u.;val3,vval4 O 1.3825 4.0000 12.0000 1.9133 0.1853 0.9000 1.1395 4.0000 9.7602 2.1346 4.0000 33.2433 79.5548 5.8678 7.0000 0.0000 1.2104 0.0000 199.0303 8.6699 34.7289 13.3894 0.8563 0.0000 -2.8983 2.5000 1.0564 4.0000 2.9663 0.0000 0.0000 0.0000 Mo 2.4710 5.6504 95.9400 1.8000 0.3285 1.0000 0.1000 6.0000 13.0000 45.0000 4.0000 0.0000 0.0000 0.6062 6.1484 0.0000 0.0000 0.0000 152.6300 3.7659 0.0689 2.9902 0.8563 0.0000 -16.7660 3.1072 1.0338 8.0000 3.4590 0.0000 0.0000 0.0000 1 ! Nr of bonds; at1;at2;De(sigma);De(pi);De(pipi);p(be1);p(bo5);13corr;n.u.;p(bo6),p(ovun1) p(be2);p(bo3);p(bo4);n.u.;p(bo1);p(bo2) 1 2 113.2223 29.8045 86.9949 0.4438 -0.2465 1.0000 16.6234 1.0764 0.1199 -0.1696 7.0000 1.0000 -0.1374 5.4732 1.0000 0.0000 1 ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2 1 2 0.1453 1.8849 10.8505 1.6926 1.5319 1.6459 1 ! Nr of angles. at1;at2;at3;Thetao,o;p(val1);p(val2);p(coa1); 1 2 1 83.1375 10.0000 3.5278 0.0000 3.5962 0.0000 2.2128 0 ! Nr of torsions. at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;p(tor1);p(cot1);n 0 ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1 |
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xiaowu787
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