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kaypu

鐵桿木蟲 (小有名氣)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 399
散金: 130
帖子: 292
在線: 113.4小時
蟲號: 864391
注冊: 2009-10-07
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構

[交流] 【求助】雙電極中心散射區(qū)設置問題已有3人參與

from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements
left_surface_elements  = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
central_atom_elements  = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon]
right_surface_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
scattering_elements = left_surface_elements + central_atom_elements + right_surface_elements

# Scattering coordinates
left_surface_coordinates  = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00]]*Angstrom
central_atom_coordinates  = [[ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                           [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                           [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                           [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                           [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                           [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                           [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                           [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                           [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                           [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                           [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                           [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                           [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                           [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                           [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                           [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                           [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                           [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                           [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                           [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                           [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                           [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                           [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                           [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01]]*Angstrom
right_surface_coordinates = [[ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
scattering_coordinates = left_surface_coordinates + central_atom_coordinates + right_surface_coordinates
上面的是正常的中心散射區(qū)設置，包括一部分的左電極和右電極還有中心的分子
而我的設置的是
from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements and coordinates
scattering_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold]
scattering_coordinates = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                        [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                        [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                        [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                        [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                        [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                        [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                        [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                        [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                        [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                        [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                        [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                        [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                        [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                        [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                        [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                        [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                        [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                        [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                        [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                        [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                        [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                        [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                        [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
在散射區(qū)中沒有區(qū)分電極和分子，雖然都是一樣的散射區(qū)，我想問一下怎么樣才能設置成散射區(qū)電極與分子分開？

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1樓 2010-05-27 16:01:21

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kaypu(金幣+1): 2010-05-27 19:26:11

沒有必要顯式標識出散射區(qū)哪些原子屬于與電極區(qū)具有相同周期性的原子，哪些原子屬于分子的。

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2樓2010-05-27 19:10:42

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zzy870720z(金幣+1):xiexie 2010-05-27 22:25:11
kaypu(金幣+2): 2010-05-28 07:34:56

這個是不能自己設置的，軟件根據(jù)你的實際情況自動判別生成腳本。

這個問題你沒必要去深究，分開和在一起是完全一樣的，如果你要找某一個原子的話可以通過讀原子坐標的方法確定，更簡單的辦法是在 Atomic Maipulator 里面改變某一個原子（比如把C換成B），然后 show 一下，你改變的原子就會變色，一般大小也會變化，以此確定某一個原子。

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阿什頓聯(lián)

3樓2010-05-27 22:07:02

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kaypu(金幣+2): 2010-05-28 07:35:01

你的第一個腳本是通過表面層延伸加上中心散射區(qū)之后生成的吧，然后你再以這個腳本建計算模型的時候拖到 NanoLanguage Scripter
在NanoLanguage Scripter 就會是放到一起的就像后面的形式（因為軟件已經(jīng)把中間的區(qū)域做為一個整體看待了）

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阿什頓聯(lián)

4樓2010-05-27 22:11:57

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引用回帖:

Originally posted by 163.com at 2010-05-27 22:07:02:
這個是不能自己設置的，軟件根據(jù)你的實際情況自動判別生成腳本。

這個問題你沒必要去深究，分開和在一起是完全一樣的，如果你要找某一個原子的話可以通過讀原子坐標的方法確定，更簡單的辦法是在 Atomic Maip ...

如果是按照第一個腳本的話在上圖中選擇投影原子數(shù)就不一樣了，要自己選擇勾選后面的第一個后，其實投影的是包括表面層的，這要在左邊選擇數(shù)目，只是投影到分子上，而第二個腳本就不用這樣了，我就是想問問怎么樣才能做到第一種那樣的腳本。我的也是把腳本放到NanoLanguage Scripter 就成了第二個腳本，請問您是怎么做的，非常感謝

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5樓2010-05-28 07:53:09

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