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mafei028銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
【求助】固體的紅外吸收譜能不能算啊 已有3人參與
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如題。如果能算,要用什么算?![]() [ Last edited by wuli8 on 2010-5-31 at 20:41 ] ? [ Last edited by mafei028 on 2011-8-21 at 10:58 ] |
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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很多第一性原理分子動(dòng)力學(xué)軟件可以計(jì)算。 因?yàn)榧t外吸收是電磁波與周期性振動(dòng)的dipole moment產(chǎn)生的電磁場(chǎng)相互作用產(chǎn)生的,因此,只要獲得你這個(gè)固體體系的dipole moment隨時(shí)間變化的軌跡,然后做自相關(guān)函數(shù)的傅立葉變化,即可將時(shí)間-dipole信號(hào),轉(zhuǎn)變?yōu)轭l率-吸收強(qiáng)度信號(hào)。 要獲得dipole moment隨時(shí)間變化的軌跡,可以使用CPMD, cp2k等基于DFT密度泛函的分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件,生成一個(gè)大約20ps-40ps的動(dòng)力學(xué)軌跡,每個(gè)運(yùn)動(dòng)步計(jì)算體系的dipole moment即可得到dipole軌跡。注意1.這里的體系dipole moment并非每個(gè)分子的dipole moment,而是整個(gè)模擬體系的dipole moment,它的周期性變化包含了各個(gè)基團(tuán)的振動(dòng)對(duì)總dipole moment的貢獻(xiàn); 2.準(zhǔn)確計(jì)算體系dipole是關(guān)鍵,要選取合適的電子相關(guān)處理方法(廣域梯度近似GGA比局域密度近似LDA要好,因?yàn)閐ipole計(jì)算需要準(zhǔn)確的電子密度的梯度信息)和合適的交換相關(guān)泛函(PBE, BLYP, BP),并測(cè)試所用的贗勢(shì)。 得到體系dipole的演化軌跡以后,即可計(jì)算其自相關(guān)函數(shù)的傅立葉變化,可將時(shí)域信號(hào)轉(zhuǎn)換成頻域信號(hào),而頻域信號(hào)的傅立葉變化在整個(gè)時(shí)間上的積分則可以得到在各頻率上的吸收強(qiáng)度。具體理論可以參考文獻(xiàn):CPMD計(jì)算IR spectrum, M.P. Gaigeot, JCTC, 1, 772-789, 2005 推薦你使用CPMD,關(guān)于dipole軌跡的自相關(guān)-傅立葉變化的處理見(jiàn): http://groups.google.ca/group/cp ... ad/a6a15953029189f9 |
金蟲(chóng) (初入文壇)
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