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cenwanglai

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[交流] 【求助】按照ICSD的數(shù)據(jù)在MS中建模遇到原子相距太近怎么處理? 已有6人參與

建模過程:進(jìn)入MS-Build-Crystals-選擇點(diǎn)群-輸入晶格參數(shù)-輸入原子位置(這里是一個(gè)Mn原子位置,兩個(gè)O原子位置)

問題:
(1)相臨O原子之間的間隔非常小(~0.5 Angstrom),這樣的晶體結(jié)構(gòu)是"好"的晶體嗎?
(2)這樣的模型可以作為輸入結(jié)構(gòu)來計(jì)算嗎?

根據(jù)后面所附的ICSD建的模型如下:

ICSD數(shù)據(jù)如下:
*data for ICSD #78331
CopyRight ?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
         Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
Coll Code 78331
Rec  Date 1996/04/22
Mod  Date 1999/01/19
Chem Name Manganese Oxide - Gamma
Structured  Mn O2
Sum       Mn1 O2
ANX       AX2
Min Name Ramsdellite
D(calc)    4.88
Title    A powder neutron diffraction study of lambda and gamma manganese
         dioxide and of Li Mn2 O4
Author(s) Fong, C.;Kennedy, B.J.;Elcombe, M.M.
Reference Zeitschrift fuer Kristallographie (149,1979-)
         (1994), 209, 941-945
Unit Cell 9.3229(11) 4.4533(7) 2.8482(3) 90. 90. 90.
Vol       118.25
Z          4
Space Group P n a m
SG       PNAM
SG Number 62
Cryst Sys orthorhombic
Laue Class  mmm
Pearson    oP12
Wyckoff    c3
R Value    .0427
Symmetry    1          x+.5, -y+.5, z
            2          x, y, -z+.5
            3          -x+.5, y+.5, z+.5
            4          -x, -y, -z
            5          -x+.5, y+.5, -z
            6          -x, -y, z+.5
            7          x+.5, -y+.5, -z+.5
            8          x, y, z
Red Cell P  2.848 4.453 9.322 90 89.999 89.999 118.251
Trans Red 0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000
Comments PDF 44-142. R(Bragg)=0.0134
         Compound with mineral name: Ramsdellite
         Neutron diffraction (powder)
         The structure has been assigned a PDF number: 44-142.
         Rietveld profile refinement applied
         Calculated density unusual but tolerable.
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H       ITF(U)
Mn 1  +4 4 c 0.1203(15)  0.0130(33)  0.25          1.       0             0
O 1  -2 4 c 0.0356(15)  0.2311(15)  0.75          1.       0       0.025(3)
O 2  -2 4 c 0.2842(12)  0.2934(20)  0.25          1.       0             0
Lbl  Type    U11       U22       U33       U12       U13       U23
Mn1  Mn4+ 0.020(4) 0.029(5) 0.017(3) 0.013(4) 0          0
O2 O2-  0.006(3) 0.050(5) 0.008(3) -.027(3) 0          0
*end for ICSD #78331

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1樓 2010-06-03 15:57:20

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cenwanglai(金幣+1):呵呵，我可是嚴(yán)格按照ICSD給的對(duì)稱性和原子位置來做的。數(shù)了數(shù)原子個(gè)數(shù)，算上距離近的O原子，符合MnO2計(jì)量比。 2010-06-03 19:42:38
cenwanglai(金幣+1):。我可是嚴(yán)格按照ICSD的對(duì)稱性和坐標(biāo)建的模型。數(shù)數(shù)原子個(gè)數(shù)，符合MnO2計(jì)量比。 2010-06-03 19:44:01

你建的晶格有問題，可能是對(duì)稱性等導(dǎo)致的，原子間的距離很少有這么近的

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2樓2010-06-03 19:19:41

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wuli8

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★
zzy870720z(金幣+1):謝謝提示，好像有些不行，聽蟲子們說過遇到打不開的情況，呵呵，具體不太清楚 2010-06-03 21:19:50

引用回帖:

Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 15:57:20:
建模過程:進(jìn)入MS-Build-Crystals-選擇點(diǎn)群-輸入晶格參數(shù)-輸入原子位置(這里是一個(gè)Mn原子位置,兩個(gè)O原子位置)

問題:
(1)相臨O原子之間的間隔非常小(~0.5 Angstrom),這樣的晶體結(jié)構(gòu)是"好"的晶體嗎?
...

何必這樣麻煩。
直接導(dǎo)出.cif格式的文件MS可以直接打開

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…………

3樓2010-06-03 20:49:05

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引用回帖:

Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05:

何必這樣麻煩。
直接導(dǎo)出.cif格式的文件MS可以直接打開

呵呵,直接打開不也會(huì)有"兩個(gè)原子相隔太近"的問題嗎?這個(gè)晶體的數(shù)據(jù)是XRD解析出來的,但是拿來做計(jì)算的模型好象不對(duì). 這個(gè)是我的問題所在呢.

以前還碰到ICSD中有原子分?jǐn)?shù)占位的情況,即occupancy不為1.這樣的結(jié)構(gòu)怎么建模型也是大家頭痛的問題.

好象實(shí)驗(yàn)還是實(shí)驗(yàn),理論還是理論,兩套語言體系之間不是很好溝通.

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 21:33 ]

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4樓2010-06-03 21:31:31

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cenwanglai(金幣+1):謝謝你的回復(fù).試試看去. 2010-06-03 22:42:20
cenwanglai(金幣+5):歡迎新蟲參與討論! 2010-06-03 22:43:12

建議你看一下xyz軸的取向，應(yīng)該是這個(gè)原因，我過去遇到的一般都是xyz取向搞錯(cuò)了

引用回帖:

Originally posted by liu-jw09 at 2010-06-03 19:19:41:
你建的晶格有問題，可能是對(duì)稱性等導(dǎo)致的，原子間的距離很少有這么近的

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5樓2010-06-03 22:05:31

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Originally posted by liu-jw09 at 2010-06-03 22:05:31:
建議你看一下xyz軸的取向，應(yīng)該是這個(gè)原因，我過去遇到的一般都是xyz取向搞錯(cuò)了

你說的好象有道道呢.樓主貼中標(biāo)注紅色的兩行,用哪個(gè)來做晶體box呢?
Unit Cell 還是 Red Cell?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:52 ]

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6樓2010-06-03 22:51:14

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★
zzy870720z(金幣+1):謝謝交流 2010-06-04 00:06:46
cenwanglai(金幣+2):hehe,謝謝! 2010-06-04 08:13:21

我一般都是試幾個(gè)取向，我很少用ICSD，所以我也不明白那幾行什么意思，不過這種錯(cuò)誤應(yīng)該就是取向有問題，所以對(duì)稱性就會(huì)在相應(yīng)位置加上原子，就出現(xiàn)樓主的錯(cuò)誤了

引用回帖:

Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 22:51:14:

你說的好象有道道呢.樓主貼中標(biāo)注紅色的兩行,用哪個(gè)來做晶體box呢?
Unit Cell 還是 Red Cell?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:52 ]

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7樓2010-06-03 23:56:11

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★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
cenwanglai(金幣+1):呵呵,遇神殺神,遇佛殺佛.希望可以到晶體版去搞清楚. 2010-06-05 12:15:14

http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2117489&fpage=1

你的是這個(gè)問題。
3年前我就碰到了。
現(xiàn)在還不明白。
一直繞著走

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8樓2010-06-05 09:51:57

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★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

338875樓: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 21:31:31
呵呵,直接打開不也會(huì)有"兩個(gè)原子相隔太近"的問題嗎?這個(gè)晶體的數(shù)據(jù)是XRD解析出來的,但是拿來做計(jì)算的模型好象不對(duì). 這個(gè)是我的問題所在呢.

以前還碰到ICSD中有原子分?jǐn)?shù)占位的情況,即occupancy不為 ...

我也碰到了這種問題，直接導(dǎo)入cif文件會(huì)有分?jǐn)?shù)占位的問題，我要建白云母的模型，后來發(fā)現(xiàn)白云母的結(jié)構(gòu)MS的本身有，我仔細(xì)看了下，MS里的白云母不存在分?jǐn)?shù)占位的問題，這是怎么回事啊

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引用回帖:

3樓: Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05
何必這樣麻煩。
直接導(dǎo)出.cif格式的文件MS可以直接打開...

你好，為什么我在fingit中導(dǎo)出顯示entention "" can not be export

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