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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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【求助】按照ICSD的數(shù)據(jù)在MS中建模遇到原子相距太近怎么處理? 已有6人參與
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建模過(guò)程:進(jìn)入MS-Build-Crystals-選擇點(diǎn)群-輸入晶格參數(shù)-輸入原子位置(這里是一個(gè)Mn原子位置,兩個(gè)O原子位置) 問(wèn)題: (1)相臨O原子之間的間隔非常小(~0.5 Angstrom),這樣的晶體結(jié)構(gòu)是"好"的晶體嗎? (2)這樣的模型可以作為輸入結(jié)構(gòu)來(lái)計(jì)算嗎? 根據(jù)后面所附的ICSD建的模型如下:  ICSD數(shù)據(jù)如下: *data for ICSD #78331 CopyRight ?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of Commerce on behalf of the United States. All rights reserved. Coll Code 78331 Rec Date 1996/04/22 Mod Date 1999/01/19 Chem Name Manganese Oxide - Gamma Structured Mn O2 Sum Mn1 O2 ANX AX2 Min Name Ramsdellite D(calc) 4.88 Title A powder neutron diffraction study of lambda and gamma manganese dioxide and of Li Mn2 O4 Author(s) Fong, C.;Kennedy, B.J.;Elcombe, M.M. Reference Zeitschrift fuer Kristallographie (149,1979-) (1994), 209, 941-945 Unit Cell 9.3229(11) 4.4533(7) 2.8482(3) 90. 90. 90. Vol 118.25 Z 4 Space Group P n a m SG PNAM SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Laue Class mmm Pearson oP12 Wyckoff c3 R Value .0427 Symmetry 1 x+.5, -y+.5, z 2 x, y, -z+.5 3 -x+.5, y+.5, z+.5 4 -x, -y, -z 5 -x+.5, y+.5, -z 6 -x, -y, z+.5 7 x+.5, -y+.5, -z+.5 8 x, y, z Red Cell P 2.848 4.453 9.322 90 89.999 89.999 118.251 Trans Red 0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000 Comments PDF 44-142. R(Bragg)=0.0134 Compound with mineral name: Ramsdellite Neutron diffraction (powder) The structure has been assigned a PDF number: 44-142. Rietveld profile refinement applied Calculated density unusual but tolerable. Atom # OX SITE x y z SOF H ITF(U) Mn 1 +4 4 c 0.1203(15) 0.0130(33) 0.25 1. 0 0 O 1 -2 4 c 0.0356(15) 0.2311(15) 0.75 1. 0 0.025(3) O 2 -2 4 c 0.2842(12) 0.2934(20) 0.25 1. 0 0 Lbl Type U11 U22 U33 U12 U13 U23 Mn1 Mn4+ 0.020(4) 0.029(5) 0.017(3) 0.013(4) 0 0 O2 O2- 0.006(3) 0.050(5) 0.008(3) -.027(3) 0 0 *end for ICSD #78331 [ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:49 ] |
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水的分解反應(yīng)
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10樓2017-03-02 22:51:44
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cenwanglai(金幣+1):呵呵，我可是嚴(yán)格按照ICSD給的對(duì)稱性和原子位置來(lái)做的。數(shù)了數(shù)原子個(gè)數(shù)，算上距離近的O原子，符合MnO2計(jì)量比。 2010-06-03 19:42:38
cenwanglai(金幣+1):。我可是嚴(yán)格按照ICSD的對(duì)稱性和坐標(biāo)建的模型。數(shù)數(shù)原子個(gè)數(shù)，符合MnO2計(jì)量比。 2010-06-03 19:44:01
cenwanglai(金幣+1):。我可是嚴(yán)格按照ICSD的對(duì)稱性和坐標(biāo)建的模型。數(shù)數(shù)原子個(gè)數(shù)，符合MnO2計(jì)量比。 2010-06-03 19:44:01
| 你建的晶格有問(wèn)題，可能是對(duì)稱性等導(dǎo)致的，原子間的距離很少有這么近的 |
2樓2010-06-03 19:19:41
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3樓2010-06-03 20:49:05
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呵呵,直接打開(kāi)不也會(huì)有"兩個(gè)原子相隔太近"的問(wèn)題嗎?這個(gè)晶體的數(shù)據(jù)是XRD解析出來(lái)的,但是拿來(lái)做計(jì)算的模型好象不對(duì). 這個(gè)是我的問(wèn)題所在呢. 以前還碰到ICSD中有原子分?jǐn)?shù)占位的情況,即occupancy不為1.這樣的結(jié)構(gòu)怎么建模型也是大家頭痛的問(wèn)題. 好象實(shí)驗(yàn)還是實(shí)驗(yàn),理論還是理論,兩套語(yǔ)言體系之間不是很好溝通. [ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 21:33 ] |
4樓2010-06-03 21:31:31
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