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[交流]
【求助/交流】關(guān)于代謝組學 已有6人參與
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各位大俠， 我是一個小小大三本科生，由于是應(yīng)用化學專業(yè)，對生物化學、藥學等都是門外漢。導師是藥學的，上次寫科技創(chuàng)新項目時，查了研究熱點，看到代謝組學很熱門，就傻乎乎地寫上去了，沒想到項目也批下來了�，F(xiàn)在多看了點文獻和論壇，才知道其中深不可測。。。555～～不知路過的大俠中有沒做過尿液測定的，能否指點下迷津。 項目做的是XXX對生物代謝的影響，XXX是揮發(fā)性物質(zhì)。對于本科生，我該怎么設(shè)計才能讓實驗難度不超出自己的能力范圍又做得好呢？不知道做尿液的指紋圖譜難度大不？我是做毛細管電泳用紫外測容易點呢（這個方法只能說明哪些峰有差異，但不能確定到底是什么物質(zhì)有差異），還是用超高效液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用做容易點（解質(zhì)譜圖是不是很難？有沒軟件可以直接用的？）？ 譜圖出來后 后面的海量數(shù)據(jù)該怎么辦呢（看文獻都是有非監(jiān)督的PCA，可具體是要怎么做呢？）？能用數(shù)學軟件解決么？是不是要有很強大的數(shù)學功底？ 對于本科生我們該怎么做使自己的課題有一點意義但又難度不會很大呢？ |
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reasonspare(金幣+2):謝謝分享。MS/MS都是很關(guān)鍵的技術(shù)。 2010-06-08 06:01:33
zns_lyx(金幣+2):謝謝前輩的耐心回答！ 2010-06-12 21:06:48
reasonspare(金幣+2):謝謝分享。MS/MS都是很關(guān)鍵的技術(shù)。 2010-06-08 06:01:33
zns_lyx(金幣+2):謝謝前輩的耐心回答！ 2010-06-12 21:06:48
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做代謝組的技術(shù)手段是很多的,但現(xiàn)在的主流手段是NMR與LC-MS,并且你會發(fā)現(xiàn)有這樣一個規(guī)律,標題用metabonomics的論文基本上都是用的NMR,而metabolomics的論文基本上是用LC-MS.用NMR的好處是只要是有質(zhì)子的代謝物都能夠被檢測到，而用LC-MS則存在一些問題，有些成分因為在色譜柱上不保留而不容易被檢測到，而且，MS即使能檢測到也不容易被解析出來結(jié)構(gòu)（尿液中代謝極性一般很大，不容易被C18柱保留。此外不同成分離子化效率不一致，使得質(zhì)譜強度與含量之間沒有直接的關(guān)系）。 關(guān)于代謝組學，需要注意的地方很多，最好是看一些綜述性的論文，在小木蟲上帖子難以一下子就說清楚。這問題不好說，也說不好，還是不說好！ |
6樓2010-06-07 15:37:32
zhf4539
木蟲 (小有名氣)
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zns_lyx(金幣+2):謝謝前輩對流程的大概介紹，渾沌沌的思路清晰很多啊，嘻嘻～～ 2010-06-12 21:11:02
lstt09nk(金幣+2):很熱心~~ 2010-06-16 10:58:02
zns_lyx(金幣+2):謝謝前輩對流程的大概介紹，渾沌沌的思路清晰很多啊，嘻嘻～～ 2010-06-12 21:11:02
lstt09nk(金幣+2):很熱心~~ 2010-06-16 10:58:02
| 說實際的，我建議你用毛細管電泳做定量，你剛接觸不要去做組學，組學是個很大的概念。簡單的和你說下吧，一般組學是用LC-MS做的比較多，而且一般是用TOF檢測樣本中的全部代謝物指紋圖譜，這就要求樣本的處理盡量的簡單以免處理過程中丟失任何代謝物。做完后可以用比如waters的MassLynx軟件找出一些差異性比較大的代謝物，也就是所謂的生物標志物，找到比如前100號后可以用simca等化學計量學軟件對樣本進行聚類分析，常見就可以做PCA,PLS-DA等分析，看你樣本分組的分離情況。呵呵，加油吧，后生們 |
11樓2010-06-12 20:28:20
2樓2010-06-05 20:16:01
3樓2010-06-05 22:50:19
4樓2010-06-06 13:35:04
5樓2010-06-07 09:15:20
reasonspare:聽說UPLC是個不錯冬冬。應(yīng)該初步研究，已經(jīng)夠用，如果有novol，可是再上NMR. 2010-06-08 06:03:13
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熱淚盈眶��！ 前輩你終于回答了，555～～ 正是考慮在極性的問題 所以想用毛細管電泳 可是學校的毛細管電泳不能和質(zhì)譜聯(lián)用，只有紫外 用UPLC-MS不知道難度大不 由于導師對這方面也是剛開始涉及，他要我自己拿捏，雖然看了博士、碩士論文 可是他們都各說各的好。。。 借了許國旺老師的《代謝組學——方法與應(yīng)用》 可是還是摸不著頭腦 不知道什么樣的方法難度不會遠遠超出本科生的能力范圍 又會有結(jié)果 |
7樓2010-06-07 22:14:04
8樓2010-06-08 22:56:52
reasonspare
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9樓2010-06-09 05:53:15
10樓2010-06-09 13:38:19
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