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一步一步木蟲(chóng) (著名寫手)
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【求助】CoMFA: 化合物放不進(jìn)數(shù)據(jù)庫(kù)怎么辦啊？？ 已有7人參與
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做CoMFA之前要把所有的小分子化合物的三維結(jié)構(gòu)畫出來(lái)，然后放在同一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中，再做疊合。 在畫小分子的三維結(jié)構(gòu)時(shí)，確定了一個(gè)化合物為模板，然后再在這個(gè)化合物的基礎(chǔ)上得到其他化合物的結(jié)構(gòu)。 我的問(wèn)題是： 在畫模板結(jié)構(gòu)的時(shí)候剛開(kāi)始我沒(méi)命名，默認(rèn)名稱為benzene,保存的時(shí)候修改了名稱。當(dāng)我在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的結(jié)構(gòu)要?jiǎng)?chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫(kù)中所有化合物的默認(rèn)名稱都為benzene，根本就沒(méi)法將所有的化合物放進(jìn)數(shù)據(jù)庫(kù)中，老是提示keep or replace。遇到這種情況我該怎么辦��？我想把所有化合物直接copy到數(shù)據(jù)庫(kù)文件夾下，但是在疊合時(shí)，指定化合物數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)老是提示該數(shù)據(jù)庫(kù)為空。 之前為了避免這種情況，就試著把所有的化合物單獨(dú)畫出來(lái)，但是優(yōu)化后疊合發(fā)現(xiàn)效果很不好。所以只能是確定模板，并在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的三維結(jié)構(gòu)。 麻煩大家?guī)兔χ更c(diǎn)一下，萬(wàn)分感謝�。� [ Last edited by 一步一步 on 2010-6-7 at 09:58 ] |
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一步一步(金幣+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金幣+3):謝謝 2010-06-10 09:10:39
一步一步(金幣+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金幣+3):謝謝 2010-06-10 09:10:39
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“當(dāng)我在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的結(jié)構(gòu)要?jiǎng)?chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫(kù)中所有化合物的默認(rèn)名稱都為benzene” 樓主在模板的基礎(chǔ)上創(chuàng)建其余小分子時(shí)命名后，保存了嗎？ 有一種方法可以解決你的問(wèn)題，但是比較麻煩。將所有的小分子復(fù)制粘貼到新建好的數(shù)據(jù)庫(kù)中，時(shí)在復(fù)制粘貼，不是在sybyl中操作。然后，進(jìn)入到新建好的數(shù)據(jù)庫(kù)中，啟動(dòng)sybyl，在open中讀入小分子，再一個(gè)一個(gè)的改名字。 寫了這么多，不知道你明白沒(méi)？如不明白，再聯(lián)系我吧。575803860 |
2樓2010-06-09 21:35:48
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