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一步一步木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助】CoMFA: 化合物放不進數(shù)據(jù)庫怎么辦��？？ 已有7人參與
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做CoMFA之前要把所有的小分子化合物的三維結(jié)構(gòu)畫出來，然后放在同一個數(shù)據(jù)庫中，再做疊合。 在畫小分子的三維結(jié)構(gòu)時，確定了一個化合物為模板，然后再在這個化合物的基礎(chǔ)上得到其他化合物的結(jié)構(gòu)。 我的問題是： 在畫模板結(jié)構(gòu)的時候剛開始我沒命名，默認名稱為benzene,保存的時候修改了名稱。當(dāng)我在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的結(jié)構(gòu)要創(chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫的時候，發(fā)現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫中所有化合物的默認名稱都為benzene，根本就沒法將所有的化合物放進數(shù)據(jù)庫中，老是提示keep or replace。遇到這種情況我該怎么辦��？我想把所有化合物直接copy到數(shù)據(jù)庫文件夾下，但是在疊合時，指定化合物數(shù)據(jù)庫時老是提示該數(shù)據(jù)庫為空。 之前為了避免這種情況，就試著把所有的化合物單獨畫出來，但是優(yōu)化后疊合發(fā)現(xiàn)效果很不好。所以只能是確定模板，并在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的三維結(jié)構(gòu)。 麻煩大家?guī)兔χ更c一下，萬分感謝��！ [ Last edited by 一步一步 on 2010-6-7 at 09:58 ] |
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4樓2010-06-11 09:46:02
CADD
銀蟲 (正式寫手)
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一步一步(金幣+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金幣+3):謝謝 2010-06-10 09:10:39
一步一步(金幣+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金幣+3):謝謝 2010-06-10 09:10:39
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“當(dāng)我在模板的基礎(chǔ)上得到所有化合物的結(jié)構(gòu)要創(chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫的時候，發(fā)現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫中所有化合物的默認名稱都為benzene” 樓主在模板的基礎(chǔ)上創(chuàng)建其余小分子時命名后，保存了嗎？ 有一種方法可以解決你的問題，但是比較麻煩。將所有的小分子復(fù)制粘貼到新建好的數(shù)據(jù)庫中，時在復(fù)制粘貼，不是在sybyl中操作。然后，進入到新建好的數(shù)據(jù)庫中，啟動sybyl，在open中讀入小分子，再一個一個的改名字。 寫了這么多，不知道你明白沒？如不明白，再聯(lián)系我吧。575803860 |
2樓2010-06-09 21:35:48
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3樓2010-06-10 08:53:46
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5樓2010-06-11 18:33:20
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