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jglee646金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】NAMD如何使用OpenPBS隊(duì)列？ 已有1人參與
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我使用的是16個(gè)節(jié)點(diǎn)的集群，每個(gè)節(jié)點(diǎn)雙路四核，節(jié)點(diǎn)名cn01-cn16。我使用下面的腳本提交作業(yè)，生成了一個(gè)nodelist文件，包含了cn15和cn16兩個(gè)節(jié)點(diǎn)。但是剛運(yùn)行就報(bào)錯(cuò)， ERROR> unrecognized command in nodesfile: ERROR> cn16 看來(lái)是charmrun不能識(shí)別節(jié)點(diǎn)，請(qǐng)問(wèn)如何解決？ #!/bin/bash # example for 1 nodes #PBS -N test #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -q qvasp # change into your working directory cd $PBS_O_WORKDIR # setting up local SCRATCH export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID cat $PBS_NODEFILE > nodelist export num=`wc -l < nodelist` charmrun /home/siapfhp/corarbor/software/NAMD_2.7b2_Linux-x86_64/namd2 +p16 ++nodelist nodelist gromacs.conf >& log & |
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wally8962
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2樓2010-06-10 13:14:59
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