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jglee646金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】NAMD如何使用OpenPBS隊列？ 已有1人參與
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我使用的是16個節(jié)點的集群，每個節(jié)點雙路四核，節(jié)點名cn01-cn16。我使用下面的腳本提交作業(yè)，生成了一個nodelist文件，包含了cn15和cn16兩個節(jié)點。但是剛運行就報錯， ERROR> unrecognized command in nodesfile: ERROR> cn16 看來是charmrun不能識別節(jié)點，請問如何解決？ #!/bin/bash # example for 1 nodes #PBS -N test #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -q qvasp # change into your working directory cd $PBS_O_WORKDIR # setting up local SCRATCH export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID cat $PBS_NODEFILE > nodelist export num=`wc -l < nodelist` charmrun /home/siapfhp/corarbor/software/NAMD_2.7b2_Linux-x86_64/namd2 +p16 ++nodelist nodelist gromacs.conf >& log & |
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2樓2010-06-10 13:14:59
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