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[交流]
【請(qǐng)教】請(qǐng)教一下關(guān)于空間群的問(wèn)題. 已有7人參與
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我有一個(gè)晶體, 晶胞參數(shù)有兩個(gè)接近90度, 但只是接近,其中的一個(gè)是87度多, 程序默認(rèn)是三斜, P-1空間群. 按此解出的結(jié)構(gòu)中有兩個(gè)分子. 晶胞PACK后,一個(gè)晶胞里面有四個(gè)分子, 那么這樣Z值是不是應(yīng)該為2? 但是CHECK的時(shí)候, 系統(tǒng)給出的是Z=4, 也沒(méi)有提示有空間群的錯(cuò)誤. 是網(wǎng)上的CHECK不能夠辨認(rèn)2個(gè)分子為一個(gè)單位?還是暗示我的空間群定得有問(wèn)題? 另外有人建議我按單斜解, 就是把那兩個(gè)接近90度的當(dāng)成90度. 這樣程序給P21/C空間群. 按此也能解出結(jié)構(gòu), 為一個(gè)分子. 但是按此空間群解的時(shí)候Rint值很大, 達(dá)到0.233. 里面有一些原子溫度因子很大. 我的數(shù)據(jù)不好, 兩者解出來(lái)的R值都很大, R1有0.14, 我應(yīng)該如何確定我的空間群(PLATON對(duì)兩個(gè)空間群都沒(méi)有提示需要改變). [ Last edited by triiawypm on 2010-6-25 at 09:40 ] |
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2樓2010-06-11 19:00:46
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triiawypm(金幣+10):非常感謝. 不是手性空間群也會(huì)出現(xiàn)absolute structure的那個(gè)問(wèn)題嗎?Flack參數(shù)在什么位置可以看到? 2010-06-11 22:46:04
wsht212(金幣+1):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-06-11 22:52:30
triiawypm(金幣+10):非常感謝. 不是手性空間群也會(huì)出現(xiàn)absolute structure的那個(gè)問(wèn)題嗎?Flack參數(shù)在什么位置可以看到? 2010-06-11 22:46:04
wsht212(金幣+1):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-06-11 22:52:30
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精修的過(guò)程當(dāng)中出現(xiàn)提示: absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 可以試試 MOVE 1 1 1 -1。Flack參數(shù)一般只有手性空間群才有。 XP里面是不是沒(méi)有刪掉某個(gè)鍵的命令是undo 加原子名稱 ins文件中原子個(gè)數(shù)應(yīng)該包括溶劑 |
5樓2010-06-11 22:19:44
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bamboo1109
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lanmao20
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triiawypm(金幣+8):謝謝, 還有一些問(wèn)題. 2010-06-12 10:44:20
wsht212(金幣+4):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-06-12 13:20:22
triiawypm(金幣+8):謝謝, 還有一些問(wèn)題. 2010-06-12 10:44:20
wsht212(金幣+4):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-06-12 13:20:22
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1. 配位的茂環(huán)是不是不能用XSHELL加氫?因?yàn)樯厦骘@示了三個(gè)鍵了.我只會(huì)用XP 照理來(lái)說(shuō)是應(yīng)該可以的，但是有的時(shí)候也許你的環(huán)不好，所以不能理論加上去？這個(gè)時(shí)候可以限制一下環(huán)，然后再進(jìn)行理論加氫，可能會(huì)好一點(diǎn)。 2. 精修的過(guò)程當(dāng)中出現(xiàn)提示: absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 這意味著是手性空間群?jiǎn)?這里面涉及到什么Flack參數(shù)嗎?從哪里能找到它? 樓上已經(jīng)有人解答這個(gè)問(wèn)題了，就不贅述了，flack參數(shù)在cif文件中可以看到。 3. 我的化合物里面有一分子的THF, 如何能確定哪個(gè)是O啊? 看著鍵長(zhǎng)一點(diǎn)兒都沒(méi)有規(guī)律呢. 鍵長(zhǎng)沒(méi)有規(guī)律時(shí)，可以仔細(xì)觀察溫度因子，異常的溫度因子會(huì)反映很多問(wèn)題，譬如溫度因子過(guò)小可以考慮此處的原子應(yīng)該是一個(gè)更重的原子，反之亦然。 4. 通過(guò)原子坐標(biāo)能看出某個(gè)原子是否已經(jīng)進(jìn)行過(guò)各向異性精修嗎? 如何對(duì)所有的非氫原子進(jìn)行各向異性精修(通過(guò)改INS的方式), anis后面加啥東西? 是說(shuō)ins文件中的坐標(biāo)嗎？打開ins文件后，坐標(biāo)后面的11.0000后面如果只有一個(gè)數(shù)字，那還沒(méi)有做各向異性，如果有6個(gè)數(shù)字，就說(shuō)明做了。對(duì)非氫原子做我想可以用anis $O $C $N。。。等。 以上僅供參考。。。 |
8樓2010-06-12 09:40:50
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帝夫(金幣+2):謝謝回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
帝夫(金幣+2):謝謝回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
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1. XSHELL里面, 茂環(huán)的每個(gè)原子都與金屬有連接鏈, 這樣每原子也就是已經(jīng)存在三個(gè)鍵了. 在hybridize all 之后, 程序自動(dòng)認(rèn)定為SP3的C, 這樣如果加氫那就位置不對(duì)了啊.如果手動(dòng)改成SP2的話,那三個(gè)鍵就已經(jīng)滿了, 要如何加呢? 2. absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 這意味著是手性空間群?jiǎn)? 3. 最后一行應(yīng)該是溫度因子.幫忙看一下我定的是不是對(duì)呢? 好像都挺大的. C105 --- C 0.087 0.118 0.836 sp3 0 0.178 C100 --- C 0.095 0.258 0.764 sp3 0 0.077 O4 --- O 0.113 0.151 0.795 sp3 0 0.139 C103 --- C 0.076 0.333 0.818 sp3 0 0.179 C102 --- C 0.062 0.214 0.861 sp3 0 0.148 4. P2 4 0.82841 0.26287 0.22987 11.00000 0.01921 0.02084 = 0.02339 0.00022 -0.00075 0.00058 這個(gè)就是后面有六個(gè)數(shù)字,已經(jīng)修過(guò)了唄? |
9樓2010-06-12 10:53:00
| 頂一下. |
10樓2010-06-12 16:15:20
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