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等待的心金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】程序出錯 已有3人參與
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昨天用一臺四核的pc，安裝的是RHE 4.0的系統(tǒng) 安裝了intel 11.1的編譯器，用mpich2-1.2.1p1完成了對siesta-3.0-rc1的編譯，使用任務完成了對anatase的晶格優(yōu)化，優(yōu)化結果很好。想進一步完成對anatase 101面的結構優(yōu)化，可這時候問題出現(xiàn)了，提交任務后，所有任務都是死進程，半天沒有反應，CPU，內(nèi)存占用率都為零。 望各位高手能幫幫我。 以下附上我的arch.make文件還有輸入文件。 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996- . # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # .SUFFIXES: .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= -lpthread ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=/home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_gf_lp64.a /home/f angwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_def.so /home/fangwei/intel/mkl/10. 2.4.032/lib/em64t/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.0 32/lib/em64t/libmkl_intel_lp64.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/l ibmkl_core.a /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_sequential.a / home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_thread.a /home/fangwei /intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_intel_sp2dp.a LAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_lapack95_lp64. a BLACS_LIBS= SCALAPACK_LIBS= /home/fangwei/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t/libmkl_scalapack_l p64.a COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/home/fangwei/mpich2/include/ DEFS_MPI=-DMPI #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< 輸入文件 # FDF file for Anatase101 # General System descriptors SystemName Anatase101 # Descriptive name of the system SystemLabel Anatase101 # Short name for naming files NumberOfAtoms 108 # Number of atoms NumberOfSpecies 2 # Number of species %block Chemical_Species_Label 1 22 Ti 2 8 O %endblock Chemical_Species_Label PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.01 eV PAO.SplitNorm 0.5 # Lattice, coordinates, k-sampling AtomicCoordinatesFormat Fractional AtomicCoorFormatOut Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.86320 0.00000 0.03417 1 0.00000 0.00000 0.19847 1 ....... %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies LatticeConstant 10.2093 Ang %block LatticeVectors 1.000 0.000 0.000 0.000 1.110 0.000 0.000 0.000 2.092 %endblock LatticeVectors %block kgrid_Monkhorst_Pack 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack # DFT, Grid, SCF XC.functional GGA # Exchange-correlation functional type XC.authors PBE # Particular parametrization of xc func SpinPolarized .false. # Spin unpolarized calculation MeshCutoff 160. Ry # Equivalent planewave cutoff for the grid MaxSCFIterations 1000 # Maximum number of SCF iterations per step DM.MixingWeight 0.3 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.NumberPulay 3 # Number of SCF steps between pulay mixing # Eigenvalue problem: order-N or diagonalization SolutionMethod Diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 25 meV # Temp. for Fermi smearing # Molecular dynamics and relaxations MD.TypeOfRun cg # Type of dynamics: MD.MaxForceTol 0.03 eV/Ang # Output options WriteCoorInitial WriteCoorStep WriteForces WriteKpoints .false. WriteEigenvalues .false. WriteKbands .false. WriteBands .false. WriteMullikenPop 3 # Write Mulliken Population Analysis WriteCoorXmol .false. WriteMDCoorXmol .false. WriteMDhistory .false. WriteCoorXmol .false. XML.Write .false. # Options for saving/reading information DM.UseSaveDM # Use DM Continuation files MD.UseSaveXV .false. # Use stored positions and velocities MD.UseSaveCG .false. # Use stored positions and velocities SaveRho # Write valence pseudocharge at the mesh SaveDeltaRho # Write RHOscf-RHOatm at the mesh SaveElectrostaticPotential .false. # Write the total elect. pot. at the mesh SaveTotalPotential .false. # Write the total pot. at the mesh WriteSiestaDim .false. # Write minimum dim to siesta.h and stop WriteDenchar # Write information for DENCHAR  [ Last edited by 等待的心 on 2010-6-12 at 15:00 ] |
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zhangguangping
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等待的心(金幣+18):感謝你的幫助 后來我使用ifort9和mpich1完成了編譯 已經(jīng)可以計算了 2010-06-19 23:14:05
zzy870720z(金幣+2):感謝指導 2010-06-20 13:10:49
等待的心(金幣+18):感謝你的幫助 后來我使用ifort9和mpich1完成了編譯 已經(jīng)可以計算了 2010-06-19 23:14:05
zzy870720z(金幣+2):感謝指導 2010-06-20 13:10:49
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你的問題不知道搞定了沒有，建議你不要用ifort11版本去編譯。試一下10或者9的版本，然后用相應的安裝好的ifort去編譯mpich1或者openmpi先不要嘗試mpich2.我用mpich2沒有安裝成功。但是mpich1和openmpi的安裝的能夠節(jié)點之內(nèi)并行沒有什么問題！這個是我的具體的安裝過程http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=2 [ Last edited by zhangguangping on 2010-6-19 at 14:17 ] |
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