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xiao_2008

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[交流] 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯(cuò)阿，這個(gè)怎么辦呢？謝謝

[root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz
bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目錄
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking how to create a ustar tar archive... gnutar
checking for cc... no
checking for icc... no
checking for xlc... no
checking for gcc... no
configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
See `config.log' for more details.
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make
make: *** 沒有指明目標(biāo)并且找不到 makefile。停止。
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]#

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1樓 2011-01-20 15:43:04

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qphll

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xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+10): 謝謝 2011-01-21 09:51:18
ghcacj(金幣+10): 謝謝 2011-01-23 15:43:52

root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz

#tar -zxvf gromacs-4.5.3.tar.gz

bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目錄
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure

./configure ... 將編譯器等等信息加上.

checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking how to create a ustar tar archive... gnutar
checking for cc... no
checking for icc... no
checking for xlc... no
checking for gcc... no

你cc, icc xlc, gcc都沒有.....
configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH

提醒你了....

See `config.log' for more details.
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make

configure都沒有通過, make什么呢?

make: *** 沒有指明目標(biāo)并且找不到 makefile。停止。
[root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]#

請(qǐng)參閱
http://www.gromacs.org/Downloads ... s?highlight=install

Gromacs的安裝非常方便, 但是不代表如果你什么功課都沒有做就能成功編譯.

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2樓2011-01-21 00:56:30

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qingmingwu

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xiao_2008(金幣+1):謝謝參與

網(wǎng)絡(luò)求助啊

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4樓2011-01-21 08:43:36

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xiao_2008

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引用回帖:

Originally posted by xiao_2008 at 2011-01-20 15:43:04:
[root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz
bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目錄
[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3
[root@xiaojianhui gr ...

我想想問問cc, icc xlc, gcc
是什么啊是不是就裝一個(gè)gcc就可以呢，
還有我這步[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3
對(duì)了嗎謝謝

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5樓2011-01-21 09:53:18

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ferlich

禁蟲 (小有名氣)

★ ★
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+3): 謝謝 2011-01-21 11:49:28
ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-01-23 15:44:07

本帖內(nèi)容被屏蔽

6樓2011-01-21 10:53:15

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qphll

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xiao_2008(金幣+3): 謝謝 2011-01-21 11:49:37
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-01-23 15:44:26

引用回帖:

Originally posted by xiao_2008 at 2011-01-21 09:53:18:

我想想問問cc, icc xlc, gcc
是什么啊是不是就裝一個(gè)gcc就可以呢，
還有我這步[root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3
對(duì)了嗎謝謝

嗯, 如果你的課題中,模擬占了一定的比重, 那么系統(tǒng)學(xué)習(xí)一下linux, 包括如何自己寫程序, 如果編譯, 還有一些常用的命令, 是很有必要掌握的. 如果這一關(guān)都覺得困難, 那么就算能跑起來gromacs, 后面的分析也是一個(gè)邁不過的坎.

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7樓2011-01-21 11:31:47

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1dubo

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樓主的LINUX的基本知識(shí)跟我剛接觸GROMACS時(shí)差不多，
cd vi rm 命令都不知道，
我們要加倍努力學(xué)習(xí)啊，相信你一定會(huì)成功的。
我現(xiàn)在都已經(jīng)能自己裝GROMACS了，呵呵

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8樓2011-02-16 13:50:36

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1dubo

銀蟲 (小有名氣)

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附GROMACS安裝手冊(cè)

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zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-02-18 22:49:30

gromacs安裝
2010-03-22 17:28
http://www.gromacs.org/gromacs/i ... n-instructions.html
1、下載fftw http://www.fftw.org/download.html
2、下載gromacs http://www.gromacs.org/gromacs/downloads/source-code.html
使用root權(quán)限
3、安裝fftw
#tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
#tar -zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
#cd fftw-3.1.2
#./configure --enable-float
#make
#make install
4、安裝gromacs
#cd ../gromacs-3.3.1/
./configure
make
make install
默認(rèn)的是把程序安裝到了/usr/local/gromacs/目錄下。
( 默認(rèn)的是把程序安裝到了/usr/local/gromacs/目錄下。編輯主目錄下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行： export PATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH 保存退出后，運(yùn)行 source .bash_profile(或者是 .bashrc)讓PATH路徑生效。參考o(jì)nline的tutorial運(yùn)行/usr/local/gromacs/share/tutor目錄下的教程其中以root帳號(hào)登陸安裝，這很重要，否則沒有權(quán)限哈。 ) 由于是使用默認(rèn)安裝. #export CPPFLAGS=-I/usr/local/include (#export CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include) #export LDFLAGS=-L/usr/local/lib (#export LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib) #./configure --with-fft=fftw3 (#./configure --with-fft=fftw2 #如果是老版的fftw的話) #make #make install #make links #這樣可以直接使用命令 #luck #用這個(gè)測(cè)試安裝是否成功,會(huì)很幽默的返回名言 ( 當(dāng)前我用的安裝過程如下 1.Linux下root登陸 2.下載fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm兩個(gè)軟件 3.安裝此軟件命令是 #rpm -ive fftw3-3.0.1-4.i386.rpm #rpm -ive gromacs-3.3-1.i386.rpm 4.這樣兩個(gè)軟件就已經(jīng)安裝成功另外，在官方網(wǎng)站（www.gromacs.org）的安裝說明中也提到了講tutor文件夾復(fù)制到用戶新的文件夾。（在摸索這一步過程中吃了很多苦頭，我不知道上面提到的安裝中是不是編輯文件就可以達(dá)到這一步，我是linux和gromacs雙重菜鳥，當(dāng)然不會(huì)編輯bash文件了）我的方法是下載gromacs-3.3.1.tar.gz之后解壓縮，然后在/share下找到tutor文件夾，將其copy出來到新的文件夾。這個(gè)文件夾中有幾個(gè)gromacs自帶的算例，對(duì)程序的上手很有幫助. 5.運(yùn)行#luck 然后可以看到諸如 "Jesus Can't Save You, Though It's Nice to Think He Tried" (Black Crowes)或者"Beat On the Brat With a Baseball Bat" (The Ramones)之類的語(yǔ)句，證明你的安裝成功了！ 6.按照網(wǎng)上提到的安裝說明，gromacs是被安裝在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安裝后，gromacs被安裝在了/usr/bin之下安裝成功，其實(shí)，關(guān)于gromacs的安裝和使用，還是應(yīng)該多看官方網(wǎng)站的tutor，畢竟這是一個(gè)free software，所以他的tutor是相當(dāng)詳盡的。因?yàn)檫@是一個(gè)free software 所以，需要大家一起努力為了gromacs更廣泛的應(yīng)用努力。 ) gromacs的文件類型常用的gromacs文件有以下類型： 1. Molecular topology files (.top) 初學(xué)分子模擬的我暫時(shí)稱之為分子拓?fù)湮募ú恢绖e人都是怎么翻譯的），top file是pdb2gmx自動(dòng)將PDB格式文件轉(zhuǎn)化生成的 2. Molecular structure files (.pdb .gro) 這種結(jié)構(gòu)文件包括pdb gro兩種，pdb2gmx將pdb文件轉(zhuǎn)化為top文件的同時(shí)也將pdb轉(zhuǎn)化為了gro。gro和pdb都是結(jié)構(gòu)文件，它們的不同在于格式，gro file還保存了velocities當(dāng)然，如果你用不到v時(shí)，也可直接使用pdb格式的結(jié)構(gòu)文件另外，genbox程序用于生成研究對(duì)象周圍箱中的溶劑分子，首先需要定義合適的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同時(shí)還講原有的top文件修改為假如溶劑分子后的top文件 3. Molecular dynamics parameter files (.mdp) mdp files其實(shí)是一個(gè)參數(shù)文件，包括了要做分子動(dòng)力學(xué)模擬所需的例如time-step, number of steps, tempratures, pressure等等 4. Index files (.ndx) 5. Run input file (.tpr) 將上面提到的四種文件組合生成tpr文件，也就是 top + gro + mdp + ndx = tpr tpr file包括了要run分子動(dòng)力學(xué)模擬所需要的所有信息 grompp程序處理所有的input文件生成tpr 6. Trajectory files (.trr) 軌道文件，讀取trr文件對(duì)我來說走了很多彎路，曾經(jīng)試圖嘗試使用guassview和vmd1.8.4等讀圖工具讀取。后來跑到smth得知讀取trr在gromacs中有一種自帶程序ngmx。這種軟件讀取trr文件需要x windows，當(dāng)時(shí)我用win系統(tǒng)ssh連接linux，當(dāng)然無(wú)法讀取了，汗～另外，在官方網(wǎng)站上有g(shù)romacs的flow chart－－ http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html 做的相當(dāng)不錯(cuò)，能夠幫助深刻理解文件和程序的相互作用以下在gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ 下 1. Convert the pdb-file to a gromacs structure file (.gro / .pdb) and a gromacs topology file (.top) @pdb2gmx -ignh -f pep.pdb -p pep.top -o pep.gro (#gromacs的預(yù)處理程序pdb2gmx) 這個(gè)命令之后有一個(gè)force field 的選擇系統(tǒng)給出了11種力場(chǎng)，具體以后實(shí)際計(jì)算中如何選擇力場(chǎng)還是應(yīng)該多參閱文獻(xiàn)和gromacs說明書的。 2. Solvate the peptide in water @editconf -bt cubic -f pep.gro -o pep_box.gro -c -d 0.5 3. 體系放入盒子之后在盒子中注入水 @genbox -cp pep_box.gro -cs -p pep.top -o pep_water.gro 之后看加水之后的top文件用命令 //@tail speptide.top 其中SOL后面的數(shù)字就是genbox加入盒子的水分子的數(shù)目。 4.Editconf程序的另一個(gè)用途是講gro文件轉(zhuǎn)化回pdb 這時(shí)可以講speptide_water.gro轉(zhuǎn)化回pdb觀察 @editconf -f pep_water.gro -o pep_water.pdb 拖回本機(jī) 用spbdv或者vmd觀察。 5. The next step is to generate index file, in the tutor of gromacs, we are told that there are a set of index groups to select. Unfortunately, I did not find them, so I have to use make_ndx to generate one. @make_ndx -f pep_water.gro 6. Perform an energy minimization of the peptide in solvent. Now the simulation system is almost ready. Before we can start the dynamics, we must perform an energy minimization, to alleviate any bad contacts (atoms overlapping such that a significant repulsion would result, causing numerical problems in the simulation) that might be present in the system. @grompp -v -f grompp.mdp -c pep_water.gro -p pep.top -o pep_nmr1.tpr 7. After the 6th command, the bad contacs have been removed. So we can do energy minimization now. @mdrun -v -s pep_nmr1.tpr -o pep_nmr1.trr -c after_nmr1.gro -g nmr1.log windows下看linux的遠(yuǎn)程桌面的其中一種簡(jiǎn)單解決辦法(可能比Xmanager, Hummingbird Exceed簡(jiǎn)單) 要求linux裝vncserver,配置參照 http://www.blogcn.com/User6/qkboy/blog/23548218.html(使用VNC遠(yuǎn)程管理linux桌面) 1. 用IE訪問http://192.168.1.102:5803/ 登陸即可,不過需要Java Runtime Environment的支持jre 或 2. http://chinaunix.net/jh/4/495459.html(遠(yuǎn)程桌面設(shè)置part2:putty vnc + ssh tunneling) PS: http://www.realvnc.com/cgi-bin/download.cgi 不用填也可以proceed to download. 我下載的windows zip安裝版,只安裝viewer就行了. 運(yùn)行putty,輸入服務(wù)器的ip地址,輸入一個(gè)名字作為session的名字,按save保存. 單擊對(duì)話框左邊的tunnels來選擇相關(guān)設(shè)置,在source port里輸入5901，在Destination里輸入localhost:5901,按Add添加單擊左邊session,回到session設(shè)置,按save重新保存.按open即可登錄到服務(wù)器. 連接登陸,然后運(yùn)行vnc-viewer,連接localhost:1,登錄,打開一個(gè)終端.進(jìn)入 gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ @ngmx -f pep_nmr1.trr -s pep_nmr1.tpr @editconf -f after_em.gro -o after_em.pdb g_rdf -n index 運(yùn)行不了，ly說本機(jī)上可以，可能是安裝的問題 Mean square displacement (MSD) function determines how much on average a molecule has moved with time nohup <程序名> & eg1: nohup mdrun -v >&log & tail -f log eg2: mdrun -v -s pr -e pr -o pr -c after_pr -g prlog >& pr.job & tail -f pr.job (現(xiàn)在還在做例子約19:15能夠跑完，只能明天看結(jié)果了) 看結(jié)果，赫赫！ mv fname newfname 1 SCP Water StarDict & log

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9樓2011-02-16 13:52:11

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

問一下哈，configure后面加上編譯器信息是什么意思呀？最近剛剛開始裝，但是遇到很多問題，謝謝哈

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10樓2011-06-22 11:29:06

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

得好好先解決一下linux知識(shí)問題，磨刀不誤砍柴工。

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11樓2011-07-04 04:41:22

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-07-05 13:37:58

linux基本應(yīng)用都不熟悉卻要在linux裝程序的孩子傷不起啊

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12樓2011-07-04 17:09:03

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簡(jiǎn)單回復(fù)

huangyi5163樓

2011-01-21 04:05 回復(fù)

xiao_2008(金幣+1):謝謝參與

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