 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 4628 | 回復(fù): 10 | ||
xinji銅蟲 (小有名氣)
|
[求助]
在gromacs中運行mdrun命令時出錯
|
|
在gromacs中，運行mdrun時，出現(xiàn)以下錯誤提示： 50000 steps, 50.0 ps. step 0 t = 0.001 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.3# Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.3# Wrote pdb files with previous and current coordinates t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step2b.pdb to ./#step2b.pdb.1# Back Off! I just backed up step2c.pdb to ./#step2c.pdb.1# Wrote pdb files with previous and current coordinates Warning: 1-4 interaction between 8908 and 8916 at distance 1100.091 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size Segmentation fault 請問各位，是什么原因呢？？？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
食品專碩 一志愿雙一流 328
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
300分，材料，求調(diào)劑，英一數(shù)二
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
材料與化工考研調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0856材料專碩353求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
07化學(xué)280分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
086003食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gromacs運行出錯，求方案，謝謝！��！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs 中mdrun命令
已經(jīng)有3人回復(fù)
- Gromacs中，mdrun出錯
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs 運行pdb2gmx中出錯，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已經(jīng)有3人回復(fù)
- [新手求教]安裝Gromacs后，查看pdb2gmx命令，顯示無此命令
已經(jīng)有9人回復(fù)
- gromacs做全原子模擬時候，突然到MD這一步出錯
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】gromacs-4 mdrun死掉
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】重金求助：gromacs中g(shù)_rms命令中怎樣應(yīng)用index.ndx文件
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】Gromacs運行出錯
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】請問gromacs并行命令
已經(jīng)有4人回復(fù)
0419xuhao
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 2957.5
- 散金: 70
- 紅花: 1
- 帖子: 104
- 在線: 71.6小時
- 蟲號: 871726
- 注冊: 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2011-12-21 11:14:02
3樓2011-12-22 09:21:21
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-12-22 21:29:08
xinji(金幣+8): ★★★很有幫助 2011-12-22 22:38:52
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-12-22 21:29:08
xinji(金幣+8): ★★★很有幫助 2011-12-22 22:38:52
|
Segmentation fault的常見原因是體系構(gòu)建不合理，建議先多跑跑energy minimization 如果使用steep 方法進行能量最小化之后，還是出現(xiàn)這樣的問題， 需要接著使用CG方法繼續(xù)能量最小化 然后再進行后續(xù)的平衡態(tài)模擬 還有一種解決辦法是，在此步使用grompp 的時候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，這樣就可使能量有連續(xù)性。 |
4樓2011-12-22 15:06:11
xinji
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 155.2
- 散金: 362
- 帖子: 256
- 在線: 336.7小時
- 蟲號: 1070429
- 注冊: 2010-08-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 分離過程
5樓2011-12-22 22:41:23
duotojh
金蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 1066.6
- 紅花: 5
- 帖子: 225
- 在線: 137.8小時
- 蟲號: 1290636
- 注冊: 2011-05-09
- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 鼓勵交流 2012-01-04 19:21:05
御劍江湖(金幣+5): 鼓勵交流 2012-01-04 19:21:05
|
不會是沒做好最小化就跑的模擬吧？ MD的基礎(chǔ)就是牛頓運動方程（有些算法，如多時間步算法，依據(jù)的是等價的正則方程）， 做MD之前一個必需的步驟就是通過最小化，使得分子結(jié)構(gòu)近似處于力學(xué)平衡，這樣粒子間相互作用最小， 求解運動方程才必定會收斂。 否則，粒子間相互作用很強的話，粒子加速度過大，分子極有可能會“炸”開，MD求解過程發(fā)散， 使得永遠(yuǎn)不能收斂到穩(wěn)定解。也就是說，分子結(jié)構(gòu)足夠“平衡”是MD方程有解的充分條件，這正是最小化的目的。 所以，建議做能量最小化要仔細(xì)選好最小化參數(shù)。 |
6樓2012-01-03 16:31:51
xinji
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 155.2
- 散金: 362
- 帖子: 256
- 在線: 336.7小時
- 蟲號: 1070429
- 注冊: 2010-08-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 分離過程
7樓2012-01-03 16:36:58
xinji
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 155.2
- 散金: 362
- 帖子: 256
- 在線: 336.7小時
- 蟲號: 1070429
- 注冊: 2010-08-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 分離過程
8樓2012-01-03 16:49:16
duotojh
金蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 1066.6
- 紅花: 5
- 帖子: 225
- 在線: 137.8小時
- 蟲號: 1290636
- 注冊: 2011-05-09
- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
9樓2012-01-03 17:23:44
青青白白123
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 174.6
- 帖子: 123
- 在線: 28.3小時
- 蟲號: 7408360
- 注冊: 2017-11-01
- 專業(yè): 工程熱物理相關(guān)交叉領(lǐng)域
10樓2018-03-22 09:10:39
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 xinji 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 13853210211 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +3 | 話梅糖111 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 林之夕 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +9 | 苑豆豆 2026-03-20 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工 264分各科過A區(qū)國家線 +3 | 哈哈157349 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +5 | Sxy112 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑 +7 | vv迷 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +5 | prayer13 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)308分求調(diào)劑 +3 | 你好明天你好 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | ALULU4408 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 元夕元 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[論文投稿] 急發(fā)核心期刊論文 +3 | 賢達(dá)問津 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 余意卿 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +16 | 于海海海海 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4 | lidianxing 2026-03-19 | 12/600 |
|