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xinji銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
在gromacs中運行mdrun命令時出錯
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在gromacs中，運行mdrun時，出現(xiàn)以下錯誤提示： 50000 steps, 50.0 ps. step 0 t = 0.001 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.3# Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.3# Wrote pdb files with previous and current coordinates t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step2b.pdb to ./#step2b.pdb.1# Back Off! I just backed up step2c.pdb to ./#step2c.pdb.1# Wrote pdb files with previous and current coordinates Warning: 1-4 interaction between 8908 and 8916 at distance 1100.091 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size Segmentation fault 請問各位，是什么原因呢？？？ |
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2樓2011-12-21 11:14:02
3樓2011-12-22 09:21:21
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-12-22 21:29:08
xinji(金幣+8): ★★★很有幫助 2011-12-22 22:38:52
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xinji(金幣+8): ★★★很有幫助 2011-12-22 22:38:52
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Segmentation fault的常見原因是體系構(gòu)建不合理，建議先多跑跑energy minimization 如果使用steep 方法進(jìn)行能量最小化之后，還是出現(xiàn)這樣的問題， 需要接著使用CG方法繼續(xù)能量最小化 然后再進(jìn)行后續(xù)的平衡態(tài)模擬 還有一種解決辦法是，在此步使用grompp 的時候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，這樣就可使能量有連續(xù)性。 |
4樓2011-12-22 15:06:11
xinji
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5樓2011-12-22 22:41:23
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不會是沒做好最小化就跑的模擬吧？ MD的基礎(chǔ)就是牛頓運動方程（有些算法，如多時間步算法，依據(jù)的是等價的正則方程）， 做MD之前一個必需的步驟就是通過最小化，使得分子結(jié)構(gòu)近似處于力學(xué)平衡，這樣粒子間相互作用最小， 求解運動方程才必定會收斂。 否則，粒子間相互作用很強的話，粒子加速度過大，分子極有可能會“炸”開，MD求解過程發(fā)散， 使得永遠(yuǎn)不能收斂到穩(wěn)定解。也就是說，分子結(jié)構(gòu)足夠“平衡”是MD方程有解的充分條件，這正是最小化的目的。 所以，建議做能量最小化要仔細(xì)選好最小化參數(shù)。 |
6樓2012-01-03 16:31:51
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7樓2012-01-03 16:36:58
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8樓2012-01-03 16:49:16
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