 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1787 | 回復(fù): 6 | ||
patent至尊木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
gromacs運行出錯，求方案，謝謝！�。�
|
|
我做一蛋白/配體復(fù)合物的動力學(xué)，用gromacs, em.mdp文件有如下設(shè)置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配體距離太近，故做如此設(shè)置，若將值設(shè)大點，如0.5或1.0，蛋白會變形或配體遠(yuǎn)離蛋白，故必須這樣設(shè)置。 但運行能量優(yōu)化時，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共軛梯度法也是如此， 運行位置限制性模擬（pr md）時，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 請問如何解決以上三個問題，謝謝！�。� |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
323求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Gromacs中，mdrun出錯
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 在gromacs中運行mdrun命令時出錯
已經(jīng)有10人回復(fù)
- gromacs 運行pdb2gmx中出錯，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已經(jīng)有3人回復(fù)
- Gromacs做steep之后做cg出錯
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs運行出錯
已經(jīng)有3人回復(fù)
- gromacs做全原子模擬時候，突然到MD這一步出錯
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】gromacs周期性邊界條件問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】gromacs的又一個問題
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】Gromacs運行出錯
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)錯誤：This usually means your system is exploding
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】求助Gromacs中關(guān)于g_hbond的out文件的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
| 頂一下 |
2樓2012-03-08 09:05:51
0419xuhao
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 2957.5
- 散金: 70
- 紅花: 1
- 帖子: 104
- 在線: 71.6小時
- 蟲號: 871726
- 注冊: 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2012-03-08 17:30:13
patent
至尊木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 14711.5
- 散金: 20
- 帖子: 459
- 在線: 850小時
- 蟲號: 57321
- 注冊: 2005-01-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
4樓2012-03-09 20:51:21
469187892
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在線: 21.1小時
- 蟲號: 1441709
- 注冊: 2011-10-14
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2012-11-29 14:31:37
6樓2012-11-29 14:48:42
469187892
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在線: 21.1小時
- 蟲號: 1441709
- 注冊: 2011-10-14
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-02 10:30:26
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-02 10:30:26
|
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/05_EM.html 我看這個教程上模擬的蛋白配體復(fù)合物的，沒有把值調(diào)這么低啊，如果能量不收斂的話，你可以把這步生成的gro文件作為初始結(jié)構(gòu)，再優(yōu)化，如果接近1000的話，可以用cg優(yōu)化 |
7樓2012-11-30 16:39:30
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 patent 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 招08考數(shù)學(xué) +4 | laoshidan 2026-03-20 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +6 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +4 | Sxy112 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +4 | z1z2z3879 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | @taotao 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +11 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +12 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 二本跨考鄭大材料306英一數(shù)二 +3 | z1z2z3879 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+8
|
.6lL 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +7 | z1z2z3879 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領(lǐng)帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒有大佬發(fā)小論文能帶我個二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|