 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2885 | 回復(fù): 9 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性邊界條件問題
|
|
大家好，我看到文獻上有不用周期性邊界條件在gromacs中做動力學(xué)的，mdp文件我也按手冊上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都沒有坐標(biāo)呢？全是這樣的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思啊？ 是我設(shè)置的問題，還是有什么別的需要注意的地方？請高手指教。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 gromacs |
» 猜你喜歡
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0854，計算機類招收調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
【0703化學(xué)調(diào)劑】-一志愿華中師范大學(xué)-六級475
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
收復(fù)試調(diào)劑生
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 周期性邊界條件相關(guān)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 請問周期性邊界條件什么意思？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 小弟剛學(xué)tinker 很多問題搞不清楚啊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【500金幣本版活動】“經(jīng)驗力場分子模擬+第一性原理計算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】gromacs的又一個問題
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】LAMMPS中非周期性邊界條件和Born-Mayer-Huggins勢函數(shù)不會設(shè)置
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
【技術(shù)服務(wù)】研究所橫向技術(shù)開發(fā)及服務(wù)
+1/99
-
福建師范大學(xué)招收2026年化學(xué)、材料碩士3-4名
+1/78
-
青島高校 研究生招生
+1/59
-
湘潭大學(xué)“過程強化與綠色化工”創(chuàng)新團隊補招2026年秋入學(xué)博士生
+1/35
-
南開大學(xué)羅景山教授課題組招聘博士后（光/電催化、鈣鈦礦光伏方向）
+2/34
-
澳大利亞西澳大學(xué)（UWA）張金強課題組招收全獎博士生（化工新能源方向）
+1/26
-
26年博士自薦
+1/17
-
新加坡國立大學(xué)藥學(xué)系化學(xué)生物學(xué)課題組招PhD
+1/17
-
福建師范大學(xué)化學(xué)與材料學(xué)院杜克釗團隊博士/碩士招生
+1/14
-
2026年西南科技大學(xué)功能涂層課題組簡介
+1/11
-
上海科技大學(xué)物質(zhì)學(xué)院招收有機化學(xué)方向2026級工程博士
+1/7
-
26年申博自薦-計算機視覺
+1/7
-
南林化工院招申請審核制博士
+1/7
-
中科院杭州醫(yī)學(xué)所金程課題組招聘核酸化學(xué)、藥學(xué)、醫(yī)學(xué)方向Co-PI/博士后
+1/6
-
上海師范大學(xué)化學(xué)與材料科學(xué)學(xué)院任新意副研究員招收調(diào)劑學(xué)生3-4名（有機化學(xué)專業(yè)）
+1/5
-
招收化工與材料學(xué)科點研究生
+1/5
-
南方科技大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院基礎(chǔ)免疫與微生物學(xué)系招收博士后
+1/4
-
福建師范大學(xué)環(huán)境微生物技術(shù)課題組接受2026級碩士調(diào)劑
+1/2
-
Top-88悉尼科技大學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)/AI 招收2027年入學(xué) 校獎 博士生1到2名(國際和本地學(xué)生）
+1/2
-
中國質(zhì)量檢驗檢測科學(xué)研究院招收聯(lián)合培養(yǎng)研究生
+1/1
2樓2011-04-18 08:28:28
3樓2011-04-18 09:22:55
4樓2011-04-18 12:50:16
5樓2011-04-19 09:23:11
6樓2011-04-19 13:07:42
|
你好，這是我沒加壓力時的的mdp文件，麻煩你看下吧。謝謝！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7樓2011-04-20 09:13:08
8樓2011-04-20 10:21:53
最近機器掛了，郁悶~ 9樓2011-04-20 10:27:09
，但是學(xué)習(xí)的過程是漫長的
10樓2011-04-20 10:34:40
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 0419xuhao 的主題更新
| 10 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +4 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +8 | yangfz 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +7 | 陌宸希 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +6 | SUICHILD 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +6 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 26研0 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科南京大學(xué)一志愿川大藥學(xué)327 +3 | 麥田耕者 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 255求調(diào)劑 +3 | 李嘉慧， 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +4 | 學(xué)員97LZgn 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑一志愿 985 總分 295 +8 | dream…… 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 四川大學(xué)085601材料工程專碩 初試294求調(diào)劑 +4 | 祝我們好在冬天 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +7 | 無懈可擊的巨人 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +3 | 李政瑩 2026-03-12 | 3/150 |
|