 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2906 | 回復(fù): 9 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】gromacs周期性邊界條件問題
|
||||
|
大家好，我看到文獻上有不用周期性邊界條件在gromacs中做動力學(xué)的，mdp文件我也按手冊上的改了。 但我跑完gro文件中的原子怎么都沒有坐標(biāo)呢？全是這樣的： 385Cl Cl 6529 nan nan nan nan nan nan “nan”是什么意思��？ 是我設(shè)置的問題，還是有什么別的需要注意的地方？請高手指教。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 gromacs |
» 猜你喜歡
284求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
07化學(xué)280分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
335求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
341求調(diào)劑(一志愿湖南大學(xué)070300)
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 周期性邊界條件相關(guān)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 請問周期性邊界條件什么意思？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 小弟剛學(xué)tinker 很多問題搞不清楚啊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【500金幣本版活動】“經(jīng)驗力場分子模擬+第一性原理計算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】gromacs的又一個問題
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】LAMMPS中非周期性邊界條件和Born-Mayer-Huggins勢函數(shù)不會設(shè)置
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
2026年國基求好運！
+5/190
-
農(nóng)業(yè)信息工程技術(shù)（專碩）招收調(diào)劑 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
+1/179
-
Postdoc position in Hangzhou Normal University （陳健翔組博后招聘）
+1/87
-
濟南大學(xué)林秀娟教授招收材料類博士生
+1/82
-
中山大學(xué)生醫(yī)工學(xué)院課題組招碩士生（高分子/納米材料/分析傳感/熒光免疫檢測背景）
+2/52
-
飄在美國，有點想家
+1/51
-
歡迎08或部分07開頭的有緣人報考
+1/47
-
PBAT溶解做成乳液
+1/36
-
2026設(shè)施園藝作物環(huán)境調(diào)控與綠色生產(chǎn)團隊招收相關(guān)專業(yè)調(diào)劑研究生
+1/35
-
中國科學(xué)院杭州醫(yī)學(xué)研究所覃江江課題組招聘博士后
+1/30
-
南京理工大學(xué)優(yōu)青團隊招聘副教授、博士后、博士、碩士生（化學(xué)、催化方向）
+1/27
-
贛南師范大學(xué)智能制造與未來能源學(xué)院2026年碩士調(diào)劑信息
+1/20
-
浙江中醫(yī)藥大學(xué)副校長團隊招聘藥學(xué)/生物信息學(xué)等方向高校教師7名，報名通道已開啟
+1/12
-
【2026考研調(diào)劑】南方科技大學(xué)-深圳理工大學(xué)聯(lián)培 086000 免疫方向(26.9入學(xué))
+1/9
-
北京航空航天大學(xué)招生微流控與智能打印技術(shù)方向博士研究生
+2/8
-
福建師范大學(xué)環(huán)境與資源學(xué)院招收2026級碩士生
+1/6
-
南醫(yī)大基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院招收調(diào)劑生（2生信1生物））
+1/5
-
海南師范大學(xué) 孫元元老師團隊招2026級碩士生2名
+1/4
-
廣東工業(yè)大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院招收資源與環(huán)境專業(yè)博士研究生
+1/3
-
天津大學(xué)理學(xué)院分離分析及功能材料研究組
+1/2
|
你好，這是我沒加壓力時的的mdp文件，麻煩你看下吧。謝謝！ cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md tinit = 0 dt = 0.001 nsteps = 1000000 init_step = 0 nstcomm = 1 nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstcheckpoint = 1000 ns_type = grid pbc = no rlist = 1.2 nstlist = 5 morse = no coulombtype = Cut-off rcoulomb = 1.2 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid fourierspacing = 0.12 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 vdw_type = Switch rvdw = 1.2 rvdw_switch = 0.9 DispCorr = no Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 ref_t = 373 Pcoupl = no Pcoupltype = isotropic tau_p = 1.0 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 gen_vel = no gen_temp = 600 gen_seed = 173529 |
7樓2011-04-20 09:13:08
2樓2011-04-18 08:28:28
3樓2011-04-18 09:22:55
4樓2011-04-18 12:50:16
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | 某某某某位 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿陜師大生物學(xué)071000，298分，求調(diào)劑 +3 | SYA！ 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學(xué)085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑 +5 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +9 | chuanzhu川燭 2026-03-18 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +6 | 87639 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 濤濤Wjt 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +4 | Sxy112 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +5 | rmc8866 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑0854 +3 | assdll 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +5 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|