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patent至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
gromacs運(yùn)行出錯(cuò)，求方案，謝謝�。�！
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我做一蛋白/配體復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)，用gromacs, em.mdp文件有如下設(shè)置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配體距離太近，故做如此設(shè)置，若將值設(shè)大點(diǎn)，如0.5或1.0，蛋白會(huì)變形或配體遠(yuǎn)離蛋白，故必須這樣設(shè)置。 但運(yùn)行能量?jī)?yōu)化時(shí)，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共軛梯度法也是如此， 運(yùn)行位置限制性模擬（pr md）時(shí)，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 請(qǐng)問(wèn)如何解決以上三個(gè)問(wèn)題，謝謝�。�！ |
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patent
至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
| 頂一下 |
2樓2012-03-08 09:05:51
0419xuhao
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3樓2012-03-08 17:30:13
patent
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4樓2012-03-09 20:51:21
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-02 10:30:26
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-02 10:30:26
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http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... /complex/05_EM.html 我看這個(gè)教程上模擬的蛋白配體復(fù)合物的，沒(méi)有把值調(diào)這么低啊，如果能量不收斂的話，你可以把這步生成的gro文件作為初始結(jié)構(gòu)，再優(yōu)化，如果接近1000的話，可以用cg優(yōu)化 |
7樓2012-11-30 16:39:30
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