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patent至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
gromacs運(yùn)行出錯(cuò)，求方案，謝謝�。。�
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我做一蛋白/配體復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)，用gromacs, em.mdp文件有如下設(shè)置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配體距離太近，故做如此設(shè)置，若將值設(shè)大點(diǎn)，如0.5或1.0，蛋白會(huì)變形或配體遠(yuǎn)離蛋白，故必須這樣設(shè)置。 但運(yùn)行能量?jī)?yōu)化時(shí)，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共軛梯度法也是如此， 運(yùn)行位置限制性模擬（pr md）時(shí)，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 請(qǐng)問(wèn)如何解決以上三個(gè)問(wèn)題，謝謝！��！ |
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