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xinji銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
在gromacs中運(yùn)行mdrun命令時(shí)出錯(cuò)
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在gromacs中，運(yùn)行mdrun時(shí)，出現(xiàn)以下錯(cuò)誤提示： 50000 steps, 50.0 ps. step 0 t = 0.001 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.3# Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.3# Wrote pdb files with previous and current coordinates t = 0.002 ps: Water molecule starting at atom 22288 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Back Off! I just backed up step2b.pdb to ./#step2b.pdb.1# Back Off! I just backed up step2c.pdb to ./#step2c.pdb.1# Wrote pdb files with previous and current coordinates Warning: 1-4 interaction between 8908 and 8916 at distance 1100.091 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size Segmentation fault 請問各位，是什么原因呢？？？ |
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3樓2011-12-22 09:21:21
0419xuhao
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2樓2011-12-21 11:14:02
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-12-22 21:29:08
xinji(金幣+8): ★★★很有幫助 2011-12-22 22:38:52
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Segmentation fault的常見原因是體系構(gòu)建不合理，建議先多跑跑energy minimization 如果使用steep 方法進(jìn)行能量最小化之后，還是出現(xiàn)這樣的問題， 需要接著使用CG方法繼續(xù)能量最小化 然后再進(jìn)行后續(xù)的平衡態(tài)模擬 還有一種解決辦法是，在此步使用grompp 的時(shí)候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，這樣就可使能量有連續(xù)性。 |
4樓2011-12-22 15:06:11
xinji
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5樓2011-12-22 22:41:23
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