 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 12 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3397 | 回復(fù): 11 | |||
[交流]
【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯(cuò)阿，這個(gè)怎么辦呢？謝謝
|
|||
|
[root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/ [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目錄 [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking host system type... i686-pc-linux-gnu checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking how to create a ustar tar archive... gnutar checking for cc... no checking for icc... no checking for xlc... no checking for gcc... no configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3': configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH See `config.log' for more details. [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make make: *** 沒有指明目標(biāo)并且找不到 makefile。 停止。 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
086003食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
請(qǐng)教下大家 2026年國家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿南航材料專317分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 請(qǐng)教GROMACS安裝
已經(jīng)有8人回復(fù)
- gromacs運(yùn)行出錯(cuò)，求方案，謝謝！��！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 在gromacs中運(yùn)行mdrun命令時(shí)出錯(cuò)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- [新手求教]安裝Gromacs后，查看pdb2gmx命令，顯示無此命令
已經(jīng)有9人回復(fù)
- Ubuntu 下自動(dòng)安裝gromacs
已經(jīng)有11人回復(fù)
- gromacs運(yùn)行出錯(cuò)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- gromacs做全原子模擬時(shí)候，突然到MD這一步出錯(cuò)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】gromacs的又一個(gè)問題
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】Gromacs運(yùn)行出錯(cuò)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個(gè)問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)錯(cuò)誤：This usually means your system is exploding
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
紹興大學(xué)博士教師招聘1位（化學(xué)化工相關(guān)）
+5/255
-
上海真誠脫單，這是一篇很認(rèn)真的相親貼，找一個(gè)靈魂伴侶
+1/167
-
南京林業(yè)大學(xué)“雙一流”高�；ゎ惒┦俊吧暾�(qǐng)-考核”招生
+5/60
-
環(huán)境化學(xué)、地學(xué)、環(huán)境毒理方向，擅長(zhǎng)污染物遷移轉(zhuǎn)化降解、分析檢測(cè)、計(jì)算模擬者優(yōu)先
+1/48
-
散金幣，求好運(yùn)，祝面上順利！
+2/46
-
哈爾濱工業(yè)大學(xué)（深圳）-何自開教授團(tuán)隊(duì)誠招化學(xué)工程與技術(shù)專業(yè)博士研究生
+1/35
-
剛剛工作不久的孤獨(dú)感
+1/33
-
天津城建大學(xué)招收物理、化學(xué)或者生物調(diào)劑生一名，前往天津大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)
+1/33
-
春眠不覺曉
+1/21
-
湖南大學(xué)微生物結(jié)構(gòu)與功能實(shí)驗(yàn)室2026年計(jì)劃招收博士研究生
+1/17
-
招收專業(yè)代碼08的學(xué)碩！
+1/14
-
雙一流湘潭大學(xué)化工學(xué)院招收化工、能源動(dòng)力、工程熱物理相關(guān)研究生調(diào)劑
+1/14
-
新加坡國立大學(xué)藥學(xué)系化學(xué)生物學(xué)課題組招PhD
+1/6
-
中國中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥健康產(chǎn)業(yè)研究所（江西中醫(yī)藥健康產(chǎn)業(yè)研究院）2026年高層次人才等
+1/6
-
【第三輪招生】澳科大誠招2026年秋季藥劑學(xué)碩士研究生（3月31日下午18:00截止）
+1/5
-
多倫多大學(xué) & Synetic Labs 招博士后/研究員
+1/5
-
上海交通大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院張智濤課題組誠聘博士后
+1/5
-
Top-88悉尼科技大學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)/AI 招收2027年入學(xué) 校獎(jiǎng) 博士生1到2名(國際和本地學(xué)生）
+1/3
-
溫州醫(yī)科大學(xué)招收特種醫(yī)學(xué)博士研究生1名（專業(yè)不限，有實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)）
+1/1
-
武漢紡織大學(xué)紡織纖維及制品教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收博士研究生
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+10): 謝謝 2011-01-21 09:51:18
ghcacj(金幣+10): 謝謝 2011-01-23 15:43:52
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+10): 謝謝 2011-01-21 09:51:18
ghcacj(金幣+10): 謝謝 2011-01-23 15:43:52
|
root@xiaojianhui xiaojianhui]# cd xiao/ [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3.tar.gz #tar -zxvf gromacs-4.5.3.tar.gz bash: cd: gromacs-4.5.3.tar.gz: 不是目錄 [root@xiaojianhui xiao]# cd gromacs-4.5.3 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# ./configure ./configure ... 將編譯器等等信息加上. checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking host system type... i686-pc-linux-gnu checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking how to create a ustar tar archive... gnutar checking for cc... no checking for icc... no checking for xlc... no checking for gcc... no 你cc, icc xlc, gcc都沒有..... configure: error: in `/home/xiaojianhui/xiao/gromacs-4.5.3': configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH 提醒你了.... See `config.log' for more details. [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# make configure都沒有通過, make什么呢? make: *** 沒有指明目標(biāo)并且找不到 makefile。 停止。 [root@xiaojianhui gromacs-4.5.3]# 請(qǐng)參閱 http://www.gromacs.org/Downloads ... s?highlight=install Gromacs的安裝非常方便, 但是不代表如果你什么功課都沒有做就能成功編譯. |
2樓2011-01-21 00:56:30
4樓2011-01-21 08:43:36
5樓2011-01-21 09:53:18
★ ★
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+3): 謝謝 2011-01-21 11:49:28
ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-01-23 15:44:07
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
xiao_2008(金幣+3): 謝謝 2011-01-21 11:49:28
ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-01-23 15:44:07
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
6樓2011-01-21 10:53:15
7樓2011-01-21 11:31:47
8樓2011-02-16 13:50:36
附GROMACS安裝手冊(cè)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-02-18 22:49:30
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-02-18 22:49:30
|
gromacs安裝 2010-03-22 17:28 http://www.gromacs.org/gromacs/i ... n-instructions.html 1、下載fftw http://www.fftw.org/download.html 2、下載gromacs http://www.gromacs.org/gromacs/downloads/source-code.html 使用root權(quán)限 3、安裝fftw #tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz #tar -zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz #cd fftw-3.1.2 #./configure --enable-float #make #make install 4、安裝gromacs #cd ../gromacs-3.3.1/ ./configure make make install 默認(rèn)的是把程序安裝到了/usr/local/gromacs/目錄下。 ( 默認(rèn)的是把程序安裝到了/usr/local/gromacs/目錄下。 編輯主目錄下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行： export PATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH 保存退出后，運(yùn)行 source .bash_profile(或者是 .bashrc)讓PATH路徑生效。參考o(jì)nline的tutorial運(yùn)行/usr/local/gromacs/share/tutor目錄下的教程其中以root帳號(hào)登陸安裝，這很重要，否則沒有權(quán)限哈。 ) 由于是使用默認(rèn)安裝. #export CPPFLAGS=-I/usr/local/include (#export CPPFLAGS=-I/home/joe/fftw/include) #export LDFLAGS=-L/usr/local/lib (#export LDFLAGS=-L/home/joe/fftw/lib) #./configure --with-fft=fftw3 (#./configure --with-fft=fftw2 #如果是老版的fftw的話) #make #make install #make links #這樣可以直接使用命令 #luck #用這個(gè)測(cè)試安裝是否成功,會(huì)很幽默的返回名言 ( 當(dāng)前我用的安裝過程如下 1.Linux下root登陸 2.下載fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm兩個(gè)軟件 3.安裝此軟件 命令是 #rpm -ive fftw3-3.0.1-4.i386.rpm #rpm -ive gromacs-3.3-1.i386.rpm 4.這樣兩個(gè)軟件就已經(jīng)安裝成功另外，在官方網(wǎng)站（www.gromacs.org）的安裝說明中也提到了講tutor文件夾復(fù)制到用戶新的文件夾。（在摸索這一步過程中吃了很多苦頭，我不知道上面提到的安裝中是不是編輯文件就可以達(dá)到這一步，我是linux和gromacs雙重菜鳥，當(dāng)然不會(huì)編輯bash文件了）我的方法是下載gromacs-3.3.1.tar.gz之后解壓縮，然后在/share下找到tutor文件夾，將其copy出來到新的文件夾。這個(gè)文件夾中有幾個(gè)gromacs自帶的算例，對(duì)程序的上手很有幫助. 5.運(yùn)行#luck 然后可以看到諸如 "Jesus Can't Save You, Though It's Nice to Think He Tried" (Black Crowes)或者"Beat On the Brat With a Baseball Bat" (The Ramones)之類的語句，證明你的安裝成功了！ 6.按照網(wǎng)上提到的安裝說明，gromacs是被安裝在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安裝后，gromacs被安裝在了/usr/bin之下安裝成功，其實(shí)，關(guān)于gromacs的安裝和使用，還是應(yīng)該多看官方網(wǎng)站的tutor，畢竟這是一個(gè)free software，所以他的tutor是相當(dāng)詳盡的。因?yàn)檫@是一個(gè)free software 所以，需要大家一起努力為了gromacs更廣泛的應(yīng)用努力。 ) gromacs的文件類型 常用的gromacs文件有以下類型： 1. Molecular topology files (.top) 初學(xué)分子模擬的我暫時(shí)稱之為分子拓?fù)湮募ú恢绖e人都是怎么翻譯的），top file是pdb2gmx自動(dòng)將PDB格式文件轉(zhuǎn)化生成的 2. Molecular structure files (.pdb .gro) 這種結(jié)構(gòu)文件包括pdb gro兩種，pdb2gmx將pdb文件轉(zhuǎn)化為top文件的同時(shí)也將pdb轉(zhuǎn)化為了gro。gro和pdb都是結(jié)構(gòu)文件，它們的不同在于格式，gro file還保存了velocities當(dāng)然，如果你用不到v時(shí)，也可直接使用pdb格式的結(jié)構(gòu)文件另外，genbox程序用于生成研究對(duì)象周圍箱中的溶劑分子，首先需要定義合適的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同時(shí)還講原有的top文件修改為假如溶劑分子后的top文件 3. Molecular dynamics parameter files (.mdp) mdp files其實(shí)是一個(gè)參數(shù)文件，包括了要做分子動(dòng)力學(xué)模擬所需的例如time-step, number of steps, tempratures, pressure等等 4. Index files (.ndx) 5. Run input file (.tpr) 將上面提到的四種文件組合生成tpr文件，也就是 top + gro + mdp + ndx = tpr tpr file包括了要run分子動(dòng)力學(xué)模擬所需要的所有信息 grompp程序處理所有的input文件生成tpr 6. Trajectory files (.trr) 軌道文件，讀取trr文件對(duì)我來說走了很多彎路，曾經(jīng)試圖嘗試使用guassview和vmd1.8.4等讀圖工具讀取。后來跑到smth得知讀取trr在gromacs中有一種自帶程序ngmx。這種軟件讀取trr文件需要x windows，當(dāng)時(shí)我用win系統(tǒng)ssh連接linux，當(dāng)然無法讀取了，汗～ 另外，在官方網(wǎng)站上有g(shù)romacs的flow chart－－ http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html 做的相當(dāng)不錯(cuò)，能夠幫助深刻理解文件和程序的相互作用 以下在gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ 下 1. Convert the pdb-file to a gromacs structure file (.gro / .pdb) and a gromacs topology file (.top) @pdb2gmx -ignh -f pep.pdb -p pep.top -o pep.gro (#gromacs的預(yù)處理程序pdb2gmx) 這個(gè)命令之后有一個(gè)force field 的選擇 系統(tǒng)給出了11種力場(chǎng)，具體以后實(shí)際計(jì)算中如何選擇力場(chǎng)還是應(yīng)該多參閱文獻(xiàn)和gromacs說明書的。 2. Solvate the peptide in water @editconf -bt cubic -f pep.gro -o pep_box.gro -c -d 0.5 3. 體系放入盒子之后在盒子中注入水 @genbox -cp pep_box.gro -cs -p pep.top -o pep_water.gro 之后看加水之后的top文件用命令 //@tail speptide.top 其中SOL后面的數(shù)字就是genbox加入盒子的水分子的數(shù)目。 4.Editconf程序的另一個(gè)用途是講gro文件轉(zhuǎn)化回pdb 這時(shí)可以講speptide_water.gro轉(zhuǎn)化回pdb觀察 @editconf -f pep_water.gro -o pep_water.pdb 拖回本機(jī) 用spbdv或者vmd觀察。 5. The next step is to generate index file, in the tutor of gromacs, we are told that there are a set of index groups to select. Unfortunately, I did not find them, so I have to use make_ndx to generate one. @make_ndx -f pep_water.gro 6. Perform an energy minimization of the peptide in solvent. Now the simulation system is almost ready. Before we can start the dynamics, we must perform an energy minimization, to alleviate any bad contacts (atoms overlapping such that a significant repulsion would result, causing numerical problems in the simulation) that might be present in the system. @grompp -v -f grompp.mdp -c pep_water.gro -p pep.top -o pep_nmr1.tpr 7. After the 6th command, the bad contacs have been removed. So we can do energy minimization now. @mdrun -v -s pep_nmr1.tpr -o pep_nmr1.trr -c after_nmr1.gro -g nmr1.log windows下看linux的遠(yuǎn)程桌面的其中一種簡(jiǎn)單解決辦法(可能比Xmanager, Hummingbird Exceed簡(jiǎn)單) 要求linux裝vncserver,配置參照 http://www.blogcn.com/User6/qkboy/blog/23548218.html(使用VNC遠(yuǎn)程管理linux桌面) 1. 用IE訪問http://192.168.1.102:5803/ 登陸即可,不過需要Java Runtime Environment的支持jre 或 2. http://chinaunix.net/jh/4/495459.html(遠(yuǎn)程桌面設(shè)置part2:putty vnc + ssh tunneling) PS: http://www.realvnc.com/cgi-bin/download.cgi 不用填也可以proceed to download. 我下載的windows zip安裝版,只安裝viewer就行了. 運(yùn)行putty,輸入服務(wù)器的ip地址,輸入一個(gè)名字作為session的名字,按save保存. 單擊對(duì)話框左邊的tunnels來選擇相關(guān)設(shè)置,在source port里輸入5901，在Destination里輸入localhost:5901,按Add添加 單擊左邊session,回到session設(shè)置,按save重新保存.按open即可登錄到服務(wù)器. 連接登陸,然后運(yùn)行vnc-viewer,連接localhost:1,登錄,打開一個(gè)終端.進(jìn)入 gromacs-3.3.1/share/tutor/nmr1/ @ngmx -f pep_nmr1.trr -s pep_nmr1.tpr @editconf -f after_em.gro -o after_em.pdb g_rdf -n index 運(yùn)行不了，ly說本機(jī)上可以，可能是安裝的問題 Mean square displacement (MSD) function determines how much on average a molecule has moved with time nohup <程序名> & eg1: nohup mdrun -v >&log & tail -f log eg2: mdrun -v -s pr -e pr -o pr -c after_pr -g prlog >& pr.job & tail -f pr.job (現(xiàn)在還在做例子 約19:15能夠跑完，只能明天看結(jié)果了) 看結(jié)果，赫赫！ mv fname newfname 1 SCP Water StarDict & log |
9樓2011-02-16 13:52:11
10樓2011-06-22 11:29:06
11樓2011-07-04 04:41:22
yongma2008
木蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 34 (小學(xué)生)
- 金幣: 2091.6
- 帖子: 1610
- 在線: 398.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1091013
12樓2011-07-04 17:09:03
簡(jiǎn)單回復(fù)
2011-01-21 04:05
回復(fù)
xiao_2008(金幣+1):謝謝參與
幫頂一下
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 xiao_2008 的主題更新
| 12 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 081700 調(diào)劑 267分 +8 | 迷人的哈哈 2026-03-23 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 335求調(diào)劑 +4 | yuyu宇 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東理工大學(xué)081700，初試分?jǐn)?shù)271 +4 | kotoko_ik 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +6 | weudhdk 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +9 | chuanzhu川燭 2026-03-18 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +6 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑 +8 | tcxiaoxx 2026-03-20 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +7 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 安憶靈 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +4 | z1z2z3879 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！ +4 | lemonzzn 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0805材料320求調(diào)劑 +3 | 深海物語 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +5 | 紅衣隱官 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +4 | ydfyh 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 華東師范大學(xué)-071000生物學(xué)-293分-求調(diào)劑 +3 | 研究生何瑤明 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +4 | @taotao 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|