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zeeffe金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】請(qǐng)教如何生成非天然序列的pdb用于zdock 已有3人參與
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我的分子是一個(gè)非天然序列的多肽， 序列中的2個(gè)Ser的側(cè)鏈被一個(gè)CH2CH2連起來(lái)了，結(jié)構(gòu)如下（原始的序列是ASGFAASG）。 現(xiàn)在我用chemdraw畫出了這個(gè)分子的結(jié)構(gòu)，再保存成pdb文件，準(zhǔn)備用DS做refinement。但是DS只能把這個(gè)分子當(dāng)做小分子處理，不能用蛋白模塊的refinement，也不能用ZDOCk去對(duì)接靶點(diǎn)蛋白。 用DS產(chǎn)生的多肽序列又不能做側(cè)鏈的修飾！ 請(qǐng)大家?guī)蛶臀医鉀Q這個(gè)問(wèn)題，怎樣生成一個(gè)這樣的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它當(dāng)?shù)鞍滋幚恚梢宰鼋Y(jié)構(gòu)的refinement和ZDOCK。 非常感謝大家的幫助！  |
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3樓2010-06-13 16:27:47
★ ★ ★
zeeffe(金幣+2):謝謝參與
lei0736(金幣+2):謝謝 2010-06-13 09:33:59
zeeffe(金幣+10):謝謝你的回復(fù) 2010-06-13 15:21:04
zeeffe(金幣+2):謝謝參與
lei0736(金幣+2):謝謝 2010-06-13 09:33:59
zeeffe(金幣+10):謝謝你的回復(fù) 2010-06-13 15:21:04
| 多肽的話柔性鍵比較多，非常耗時(shí)間。lz把分子當(dāng)小分子修改不就行了，手工到三維結(jié)構(gòu)里修改原子類型。然后優(yōu)化，在做對(duì)接。Zdock也不見(jiàn)得效果一定好，我覺(jué)得你把DS里的Gold還有其他的對(duì)接軟件都試一下�？茨莻�(gè)軟件的結(jié)果與你的實(shí)驗(yàn)結(jié)果類似就用哪款。 |
2樓2010-06-13 08:28:55
zeeffe
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謝謝2l的建議！ 但是我在實(shí)際操作的時(shí)候還是遇到了麻煩： 我是這樣做的， 我把Ser2和Ser7的羥基H都變成了CH2，這樣在做refinement的時(shí)候只要指定這兩個(gè)新的CH2的間距為一般的CH2CH2距離就可以了。 但是在做refinement - Additional restriction時(shí)，選擇Residue （Ser2）- Atom 下拉框中沒(méi)有新生成的CH2中的C，這樣就沒(méi)法指定CH2CH2距離了，從而也沒(méi)法做refinement了。 我想是不是可以直接定義一個(gè)天然氨基酸如下，但是我又不知道怎么在DS中定義新的非天然氨基酸，請(qǐng)問(wèn)你知道嗎？ 謝謝！  [ Last edited by zeeffe on 2010-6-13 at 18:43 ] |
4樓2010-06-13 18:39:31
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5樓2010-06-13 18:42:52
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