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zeeffe金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】請教如何生成非天然序列的pdb用于zdock 已有3人參與
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我的分子是一個非天然序列的多肽， 序列中的2個Ser的側(cè)鏈被一個CH2CH2連起來了，結(jié)構(gòu)如下（原始的序列是ASGFAASG）。 現(xiàn)在我用chemdraw畫出了這個分子的結(jié)構(gòu)，再保存成pdb文件，準(zhǔn)備用DS做refinement。但是DS只能把這個分子當(dāng)做小分子處理，不能用蛋白模塊的refinement，也不能用ZDOCk去對接靶點蛋白。 用DS產(chǎn)生的多肽序列又不能做側(cè)鏈的修飾！ 請大家?guī)蛶臀医鉀Q這個問題，怎樣生成一個這樣的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它當(dāng)?shù)鞍滋幚恚梢宰鼋Y(jié)構(gòu)的refinement和ZDOCK。 非常感謝大家的幫助！  |
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zeeffe
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3樓2010-06-13 16:27:47
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謝謝2l的建議！ 但是我在實際操作的時候還是遇到了麻煩： 我是這樣做的， 我把Ser2和Ser7的羥基H都變成了CH2，這樣在做refinement的時候只要指定這兩個新的CH2的間距為一般的CH2CH2距離就可以了。 但是在做refinement - Additional restriction時，選擇Residue （Ser2）- Atom 下拉框中沒有新生成的CH2中的C，這樣就沒法指定CH2CH2距離了，從而也沒法做refinement了。 我想是不是可以直接定義一個天然氨基酸如下，但是我又不知道怎么在DS中定義新的非天然氨基酸，請問你知道嗎？ 謝謝！  [ Last edited by zeeffe on 2010-6-13 at 18:43 ] |
4樓2010-06-13 18:39:31
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