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baoer3808銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】產(chǎn)生psf文件的問題 已有2人參與
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| 我現(xiàn)在想單獨做一個水盒子的模擬，請教一下它的psf文件怎樣產(chǎn)生？它的勢參數(shù)怎樣加進(jìn)去？請大家指點,謝謝！ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-13 12:48:30
baoer3808(金幣+5): 2010-06-13 15:18:47
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-13 12:48:30
baoer3808(金幣+5): 2010-06-13 15:18:47
| 首先不推薦來模擬水盒子，根據(jù)namd主頁上面的說法是，目前水分子是最難模擬的，這個是世界級別的難題，模擬效果不好，水分子模擬和蛋白質(zhì)模擬起來最大的區(qū)別是你模擬水盒子的時候，可以說是模擬了成百上千個蛋白質(zhì)，因為你模擬蛋白質(zhì)只有一個蛋白子分子，模擬的盒子里面包含有很多水分子，工作量很大，如果不是為了專門模擬水分子的話，沒必要，也模擬不了，至于要產(chǎn)生psf文件，這個幾乎不可行，水分子單獨有空間結(jié)構(gòu)，這個是可以產(chǎn)生psf文檔的，但是在一個盒子里面，水分子距離以及相互作用都不知道，也就說不可模擬，這點和蛋白質(zhì)核心上的區(qū)別 |
2樓2010-06-13 12:34:42
baoer3808
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2010-06-13 15:20:47
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