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[交流]
【求助/交流】關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育樹，如何鑒定菌種 已有5人參與
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| 小弟分到一些內(nèi)生真菌，并測序?qū)ts序列用MEGA做了一個ME樹，這個樹包括我測序的真菌its序列和在genbank上比對的序列，基本我的菌種都能做到已知的屬里面，但是，我要寫文章，怎么分析我的序列是屬于某一個種呢，差多少個堿基才能算做是同一個種呢？求高手指點(diǎn)，有沒有很詳細(xì)的文獻(xiàn) |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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沒有那么精確地，不是通過差幾點(diǎn)堿基來定義的，判斷是不是同種，一般先看同源性，即NCBI里面的max indent，然后用mega4.0做進(jìn)化樹，進(jìn)化樹做出來后，看相近的那個菌株跟你的菌株同源性的可靠性多高（即那個節(jié)點(diǎn)的數(shù)字，這個不是同源性，是可靠性，同源性只能通過NCBI的BLAST得出）�？煽啃赃_(dá)到66以上即可認(rèn)為是同一個屬中的同種、亞種、變種，大于95才能判斷是同種。而不是通過幾個堿基來判斷的，堿基差異多少只能判斷同源性，與是否同種不是完全的就重疊。 |
11樓2012-06-14 10:46:59
2樓2010-07-04 09:40:25
3樓2010-07-06 16:26:50
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6樓2010-07-08 20:26:13
7樓2010-07-10 17:26:13
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9樓2010-07-12 10:13:52
10樓2010-07-12 10:17:35
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