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【求助】關(guān)于dmol中部分原子固定的幾何優(yōu)化問(wèn)題 已有4人參與
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大家好，想向大家請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題： 我在用DMOL對(duì)slab模型的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化的時(shí)候 固定了底層原子 一共是三層，固定的時(shí)候用的是固定分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，且沒(méi)有固定晶格參數(shù)，在進(jìn)行優(yōu)化設(shè)置的時(shí)候也沒(méi)有 optimize cell奇怪的是,當(dāng)幾何優(yōu)化結(jié)束的時(shí)候 我把固定原子的笛卡爾坐標(biāo)進(jìn)行比較的時(shí)候發(fā)現(xiàn)還是有細(xì)微的差別，我不知道這是為什么， 這樣的話(huà)，我后面在進(jìn)行過(guò)渡態(tài)搜索的時(shí)候就會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題，我的生成物都是從反應(yīng)物的構(gòu)型復(fù)制過(guò)來(lái)的基礎(chǔ)上改動(dòng)再進(jìn)行優(yōu)化的，按理說(shuō)固定原子的坐標(biāo)應(yīng)該不會(huì)改變，但優(yōu)化過(guò)程居然也能改變固定原子的位置！這就導(dǎo)致我在原子配對(duì)的時(shí)候出現(xiàn)Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010 的問(wèn)題，我不知道該如何解決了 請(qǐng)大家?guī)蛶臀?謝謝！ |
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8樓2010-07-08 08:56:39
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2樓2010-07-07 08:56:37
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gavinliu7390(金幣+1):謝謝交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金幣+2): 2010-07-07 17:35:10
gavinliu7390(金幣+1):謝謝交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金幣+2): 2010-07-07 17:35:10
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dmol3不支持分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的固定。 DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
5樓2010-07-07 14:54:22
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