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[交流]
【求助】關于dmol中部分原子固定的幾何優(yōu)化問題 已有4人參與
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大家好，想向大家請教一個問題： 我在用DMOL對slab模型的結構進行優(yōu)化的時候 固定了底層原子 一共是三層，固定的時候用的是固定分數(shù)坐標，且沒有固定晶格參數(shù)，在進行優(yōu)化設置的時候也沒有 optimize cell奇怪的是,當幾何優(yōu)化結束的時候 我把固定原子的笛卡爾坐標進行比較的時候發(fā)現(xiàn)還是有細微的差別，我不知道這是為什么， 這樣的話，我后面在進行過渡態(tài)搜索的時候就會出現(xiàn)問題，我的生成物都是從反應物的構型復制過來的基礎上改動再進行優(yōu)化的，按理說固定原子的坐標應該不會改變，但優(yōu)化過程居然也能改變固定原子的位置！這就導致我在原子配對的時候出現(xiàn)Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010 的問題，我不知道該如何解決了 請大家?guī)蛶臀?謝謝！ |
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9樓2010-07-09 09:33:46
cmwangdft
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2樓2010-07-07 08:56:37
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akashia
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gavinliu7390(金幣+1):謝謝交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金幣+2): 2010-07-07 17:35:10
gavinliu7390(金幣+1):謝謝交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金幣+2): 2010-07-07 17:35:10
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dmol3不支持分數(shù)坐標的固定。 DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
5樓2010-07-07 14:54:22
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