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Prettyswan

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[交流] 【求助】如何使用openmpi在多節(jié)點(diǎn)并行計(jì)算？已有3人參與

集群上使用的是openmpi，PBS有點(diǎn)問(wèn)題，所以我一直用命令“mpirun -np 8 vasp”提交任務(wù)。不知道如何使用命令進(jìn)行多節(jié)點(diǎn)的并行計(jì)算（把一個(gè)任務(wù)分配到多個(gè)節(jié)點(diǎn)上）。
在《并行計(jì)算導(dǎo)論》上查到關(guān)于mpich的使用：

引用回帖:

5. 運(yùn)行MPICH程序
多機(jī)環(huán)境中運(yùn)行MPICH程序與單機(jī)環(huán)境類(lèi)似，可以用mpirun來(lái)進(jìn)行。運(yùn)行程序前先創(chuàng)建一個(gè)machinefile文件，其中列出要使用的結(jié)點(diǎn)機(jī)名，然后用命令“mpirun -machinefile 文件名 ...”來(lái)在指定的結(jié)點(diǎn)上運(yùn)行程序。例如，假設(shè)用戶登錄在結(jié)點(diǎn)node2上，文件mfile中包含下述內(nèi)容：
node3
node4
則命令：
mpirun -machinefile mfile -np 3 cpi
將用node2，node3 和node4來(lái)運(yùn)行程序cpi，每個(gè)結(jié)點(diǎn)一個(gè)進(jìn)程，這是因?yàn)槟J(rèn)情況下mpirun總是將當(dāng)前結(jié)點(diǎn)添加到程序的結(jié)點(diǎn)機(jī)列表中。如果不希望使用當(dāng)前結(jié)點(diǎn)(node2)，可以加上-nolocal選項(xiàng)：
mpirun -nolocal -machinefile mfile -np 3 cpi
選項(xiàng)-np給出的進(jìn)程數(shù)與-machinefile給出的文件中的結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)不一定要相等。如果進(jìn)程數(shù)少于結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)，則程序只使用其中的一部分結(jié)點(diǎn)。如果進(jìn)程數(shù)多于結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)，則一些結(jié)點(diǎn)上會(huì)運(yùn)行多于一個(gè)進(jìn)程。

我參考著使用了一下

CODE:

[zhuqx_hp@node3 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -machiefile INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR -np 8 /home/bin/vasp.openmpi >out

結(jié)果報(bào)錯(cuò)了

引用回帖:

--------------------------------------------------------------------------
Open RTE detected a parse error in the hostfile:
INCAR
It occured on line number 1 on token 3.
--------------------------------------------------------------------------
[node3:26677] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Error in file rmgr_urm.c at line 358
[node3:26677] mpirun: spawn failed with errno=-1

machinefile：

引用回帖:

node2
node4
node5
node6
node7

請(qǐng)教了。謝謝

[ Last edited by Prettyswan on 2010-7-7 at 15:38 ]

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lvjian8596(金幣+1):感謝交流！ 2010-07-07 22:16:45

并行命令
mpirun -n 8 -machinefile -mf vasp>log&
其中mf
node01
node02
........
........

node08
node08

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2樓2010-07-07 18:44:42

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lvjian8596(金幣+1):感謝交流！ 2010-07-07 22:53:44
zzy870720z(金幣+1):謝謝指點(diǎn) 2010-07-08 10:05:19

在-machinefile后面還要加上你命名的各個(gè)節(jié)點(diǎn)的文件。記住，-machinefile是一個(gè)命令，而后面跟上的才是其對(duì)應(yīng)的節(jié)點(diǎn)。
比如命名文件為mf,其中內(nèi)容為上面所說(shuō)的內(nèi)容，則運(yùn)行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可

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3樓2010-07-07 22:41:35

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引用回帖:

Originally posted by goldenfisher at 2010-07-07 22:41:35:
在-machinefile后面還要加上你命名的各個(gè)節(jié)點(diǎn)的文件。記住，-machinefile是一個(gè)命令，而后面跟上的才是其對(duì)應(yīng)的節(jié)點(diǎn)。
比如命名文件為mf,其中內(nèi)容為上面所說(shuō)的內(nèi)容，則運(yùn)行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可

官方指南中寫(xiě)道：

引用回帖:

SYNOPSIS
   Single Process Multiple Data (SPMD) Model:

   mpirun [ options ] [ ]

   Multiple Instruction Multiple Data (MIMD) Model:

   mpirun [ global_options ]
            [ local_options1 ] [ ] :
            [ local_options2 ] [ ] :
            ... :
            [ local_optionsN ] [ ]

   Note  that in both models, invoking mpirun via an absolute path name is
   equivalent to specifying the --prefix option with a value equiva-
   lent  to  the  directory where mpirun resides, minus its last subdirec-
   tory.  For example:

         % /usr/local/bin/mpirun ...

   is equivalent to

         % mpirun --prefix /usr/local

QUICK SUMMARY
   If you are simply looking for how to run an MPI application, you proba-
   bly want to use a command line of the following form:

         % mpirun [ -np X ] [ --hostfile ]

   This  will  run X copies of in your current run-time environ-
   ment (if running under a supported resource manager, Open MPI's  mpirun
   will  usually  automatically  use  the  corresponding  resource manager
   process starter, as opposed to, for example, rsh or ssh, which  require
   the  use  of a hostfile, or will default to running all X copies on the
   localhost), scheduling (by default) in a  round-robin  fashion  by  CPU
   slot.  See the rest of this page for more details.

我仿照著寫(xiě)了

CODE:

[zhuqx_hp@node2 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun  -np 8 -hostfile mfile /home/bin/vasp.openmpi >out &

結(jié)果還是報(bào)錯(cuò)：

引用回帖:

--------------------------------------------------------------------------
Failed to find the following executable:

Host: node2
Executable: mfile

Cannot continue.
--------------------------------------------------------------------------

[ Last edited by Prettyswan on 2010-7-8 at 11:16 ]

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4樓2010-07-08 10:16:32

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zzy870720z(金幣+2):謝謝指點(diǎn) 2010-07-08 17:18:55

節(jié)點(diǎn)的名稱(chēng)有可能不一樣，你的集群的各個(gè)節(jié)點(diǎn)你要確認(rèn)是以node命名的嗎？
我們的就不是，是以compute-1命名的。
你的情況是找不到分節(jié)點(diǎn)，估計(jì)你的命名有問(wèn)題

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5樓2010-07-08 17:05:40

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引用回帖:

Originally posted by goldenfisher at 2010-07-08 17:05:40:
節(jié)點(diǎn)的名稱(chēng)有可能不一樣，你的集群的各個(gè)節(jié)點(diǎn)你要確認(rèn)是以node命名的嗎？
我們的就不是，是以compute-1命名的。
你的情況是找不到分節(jié)點(diǎn)，估計(jì)你的命名有問(wèn)題

我們的集群確實(shí)是node命名的。

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6樓2010-07-16 21:50:05

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zzy870720z(金幣+1):謝謝提示 2010-07-17 08:47:28

你的節(jié)點(diǎn)名不對(duì)，字面上看，是不是node02

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7樓2010-07-17 08:43:13

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引用回帖:

Originally posted by beyondstar at 2010-07-17 08:43:13:
你的節(jié)點(diǎn)名不對(duì)，字面上看，是不是node02

我切換節(jié)點(diǎn)的時(shí)候都是用 rsh node2

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8樓2010-07-17 09:35:33

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gavinliu7390(金幣+1): 2010-07-17 12:00:08

-hostfile 去掉試試

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9樓2010-07-17 10:37:00

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zzy870720z(金幣+1):謝謝建議 2010-08-11 10:33:33

好吧

我說(shuō)實(shí)話

你基本的MPIRUN的命令都不對(duì)~~~~~

1）咨詢(xún)你們的系統(tǒng)管理員

2）使用說(shuō)明上已經(jīng)表述的很清楚，option很多，自己仔細(xì)看�？隙ǹ梢钥疵靼椎�

[ Last edited by 風(fēng)間的記憶 on 2010-8-11 at 09:51 ]

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