當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

Prettyswan

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2919
散金: 149
紅花: 4
帖子: 145
在線: 59.7小時(shí)
蟲號(hào): 958555
注冊(cè): 2010-03-01
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[交流] 【求助】如何使用openmpi在多節(jié)點(diǎn)并行計(jì)算？已有3人參與

集群上使用的是openmpi，PBS有點(diǎn)問題，所以我一直用命令“mpirun -np 8 vasp”提交任務(wù)。不知道如何使用命令進(jìn)行多節(jié)點(diǎn)的并行計(jì)算（把一個(gè)任務(wù)分配到多個(gè)節(jié)點(diǎn)上）。
在《并行計(jì)算導(dǎo)論》上查到關(guān)于mpich的使用：

引用回帖:

5. 運(yùn)行MPICH程序
多機(jī)環(huán)境中運(yùn)行MPICH程序與單機(jī)環(huán)境類似，可以用mpirun來進(jìn)行。運(yùn)行程序前先創(chuàng)建一個(gè)machinefile文件，其中列出要使用的結(jié)點(diǎn)機(jī)名，然后用命令“mpirun -machinefile 文件名 ...”來在指定的結(jié)點(diǎn)上運(yùn)行程序。例如，假設(shè)用戶登錄在結(jié)點(diǎn)node2上，文件mfile中包含下述內(nèi)容：
node3
node4
則命令：
mpirun -machinefile mfile -np 3 cpi
將用node2，node3 和node4來運(yùn)行程序cpi，每個(gè)結(jié)點(diǎn)一個(gè)進(jìn)程，這是因?yàn)槟J(rèn)情況下mpirun總是將當(dāng)前結(jié)點(diǎn)添加到程序的結(jié)點(diǎn)機(jī)列表中。如果不希望使用當(dāng)前結(jié)點(diǎn)(node2)，可以加上-nolocal選項(xiàng)：
mpirun -nolocal -machinefile mfile -np 3 cpi
選項(xiàng)-np給出的進(jìn)程數(shù)與-machinefile給出的文件中的結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)不一定要相等。如果進(jìn)程數(shù)少于結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)，則程序只使用其中的一部分結(jié)點(diǎn)。如果進(jìn)程數(shù)多于結(jié)點(diǎn)機(jī)數(shù)，則一些結(jié)點(diǎn)上會(huì)運(yùn)行多于一個(gè)進(jìn)程。

我參考著使用了一下

CODE:

[zhuqx_hp@node3 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun -machiefile INCAR KPOINTS POTCAR POSCAR -np 8 /home/bin/vasp.openmpi >out

結(jié)果報(bào)錯(cuò)了

引用回帖:

--------------------------------------------------------------------------
Open RTE detected a parse error in the hostfile:
INCAR
It occured on line number 1 on token 3.
--------------------------------------------------------------------------
[node3:26677] [0,0,0] ORTE_ERROR_LOG: Error in file rmgr_urm.c at line 358
[node3:26677] mpirun: spawn failed with errno=-1

machinefile：

引用回帖:

node2
node4
node5
node6
node7

請(qǐng)教了。謝謝

[ Last edited by Prettyswan on 2010-7-7 at 15:38 ]

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
0703化學(xué)調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦已經(jīng)有9人回復(fù)
一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
280求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
0703化學(xué)調(diào)劑，六級(jí)已過，有科研經(jīng)歷已經(jīng)有9人回復(fù)
工科材料085601 279求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
070300化學(xué)319求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
0703化學(xué)調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

在沒有安裝openmp庫的計(jì)算機(jī)上能不能使用openmp？已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】單機(jī)多核并行VASP，如何編譯？已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】單機(jī)多核UDF怎么并行計(jì)算已經(jīng)有15人回復(fù)
【求助成功】如何處理算不動(dòng)的情況已經(jīng)有17人回復(fù)
【ghcacj個(gè)人文集】單機(jī)環(huán)境下安裝openmpi使用Orca并行運(yùn)算的方法介紹已經(jīng)有12人回復(fù)
【原創(chuàng)】買了Infiniband，實(shí)際上并沒有用到Infiniband你知道嗎？已經(jīng)有15人回復(fù)
【求助】siesta3.0 安裝，錯(cuò)誤一籮筐已經(jīng)有11人回復(fù)

1樓 2010-07-07 15:34:45

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

goldenfisher

金蟲 (著名寫手)

1ST強(qiáng)帖: 3
應(yīng)助: 55 (初中生)
貴賓: 0.153
金幣: 5779.1
散金: 2908
紅花: 21
帖子: 1552
在線: 351.5小時(shí)
蟲號(hào): 117764
注冊(cè): 2005-11-26
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

★ ★
lvjian8596(金幣+1):感謝交流！ 2010-07-07 22:53:44
zzy870720z(金幣+1):謝謝指點(diǎn) 2010-07-08 10:05:19

在-machinefile后面還要加上你命名的各個(gè)節(jié)點(diǎn)的文件。記住，-machinefile是一個(gè)命令，而后面跟上的才是其對(duì)應(yīng)的節(jié)點(diǎn)。
比如命名文件為mf,其中內(nèi)容為上面所說的內(nèi)容，則運(yùn)行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可

贊一下(3人)

回復(fù)此樓

3樓2010-07-07 22:41:35

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 10 個(gè)回答

beyondstar

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 2357.3
散金: 601
紅花: 4
帖子: 475
在線: 2503.5小時(shí)
蟲號(hào): 96793
注冊(cè): 2005-11-07
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★
lvjian8596(金幣+1):感謝交流！ 2010-07-07 22:16:45

并行命令
mpirun -n 8 -machinefile -mf vasp>log&
其中mf
node01
node02
........
........

node08
node08

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

2樓2010-07-07 18:44:42

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Prettyswan

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2919
散金: 149
紅花: 4
帖子: 145
在線: 59.7小時(shí)
蟲號(hào): 958555
注冊(cè): 2010-03-01
性別: MM
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

Originally posted by goldenfisher at 2010-07-07 22:41:35:
在-machinefile后面還要加上你命名的各個(gè)節(jié)點(diǎn)的文件。記住，-machinefile是一個(gè)命令，而后面跟上的才是其對(duì)應(yīng)的節(jié)點(diǎn)。
比如命名文件為mf,其中內(nèi)容為上面所說的內(nèi)容，則運(yùn)行
mpirun -n 8 -machinefile mf vasp即可

官方指南中寫道：

引用回帖:

SYNOPSIS
   Single Process Multiple Data (SPMD) Model:

   mpirun [ options ] [ ]

   Multiple Instruction Multiple Data (MIMD) Model:

   mpirun [ global_options ]
            [ local_options1 ] [ ] :
            [ local_options2 ] [ ] :
            ... :
            [ local_optionsN ] [ ]

   Note  that in both models, invoking mpirun via an absolute path name is
   equivalent to specifying the --prefix option with a value equiva-
   lent  to  the  directory where mpirun resides, minus its last subdirec-
   tory.  For example:

         % /usr/local/bin/mpirun ...

   is equivalent to

         % mpirun --prefix /usr/local

QUICK SUMMARY
   If you are simply looking for how to run an MPI application, you proba-
   bly want to use a command line of the following form:

         % mpirun [ -np X ] [ --hostfile ]

   This  will  run X copies of in your current run-time environ-
   ment (if running under a supported resource manager, Open MPI's  mpirun
   will  usually  automatically  use  the  corresponding  resource manager
   process starter, as opposed to, for example, rsh or ssh, which  require
   the  use  of a hostfile, or will default to running all X copies on the
   localhost), scheduling (by default) in a  round-robin  fashion  by  CPU
   slot.  See the rest of this page for more details.

我仿照著寫了

CODE:

[zhuqx_hp@node2 Se]$ nohup /home/software/openmpi-1.2.2-intel9/bin/mpirun  -np 8 -hostfile mfile /home/bin/vasp.openmpi >out &

結(jié)果還是報(bào)錯(cuò)：

引用回帖:

--------------------------------------------------------------------------
Failed to find the following executable:

Host: node2
Executable: mfile

Cannot continue.
--------------------------------------------------------------------------

[ Last edited by Prettyswan on 2010-7-8 at 11:16 ]

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2010-07-08 10:16:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

goldenfisher

金蟲 (著名寫手)

1ST強(qiáng)帖: 3
應(yīng)助: 55 (初中生)
貴賓: 0.153
金幣: 5779.1
散金: 2908
紅花: 21
帖子: 1552
在線: 351.5小時(shí)
蟲號(hào): 117764
注冊(cè): 2005-11-26
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

★ ★
zzy870720z(金幣+2):謝謝指點(diǎn) 2010-07-08 17:18:55

節(jié)點(diǎn)的名稱有可能不一樣，你的集群的各個(gè)節(jié)點(diǎn)你要確認(rèn)是以node命名的嗎？
我們的就不是，是以compute-1命名的。
你的情況是找不到分節(jié)點(diǎn)，估計(jì)你的命名有問題

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

5樓2010-07-08 17:05:40

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 280求調(diào)劑 +4	咕嚕曉曉 2026-03-18	4/200	2026-03-18 10:27 by zeng1010
[考研] 302求調(diào)劑 +9	呼呼呼。。。。 2026-03-17	9/450	2026-03-18 09:34 by zhukairuo
[考研] 281求調(diào)劑（0805） +3	煙汐憶海 2026-03-16	9/450	2026-03-18 07:23 by 煙汐憶海
[考研] 303求調(diào)劑 +3	睿08 2026-03-17	5/250	2026-03-17 22:01 by 睿08
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4	張vvvv 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +5	緒幸與子 2026-03-17	5/250	2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 286求調(diào)劑 +3	lemonzzn 2026-03-16	5/250	2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 333求調(diào)劑 +3	文思客 2026-03-16	7/350	2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +6	妮妮ninicgb 2026-03-15	9/450	2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 0703 物理化學(xué)調(diào)劑 +3	我可以上岸的對(duì)?/a> 2026-03-13	5/250	2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的對(duì)?/a>
[考研] 070305求調(diào)劑 +3	mlpqaz03 2026-03-14	4/200	2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 328求調(diào)劑 +3	5201314Lsy！ 2026-03-13	6/300	2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 材料080500調(diào)劑求收留 +3	一顆meteor 2026-03-13	3/150	2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9	咪咪空空 2026-03-12	9/450	2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +6	步川酷紫123 2026-03-13	6/300	2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] （081700）化學(xué)工程與技術(shù)-298分求調(diào)劑 +12	11啦啦啦 2026-03-11	35/1750	2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求調(diào)劑 +5	周慢熱啊 2026-03-12	7/350	2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +8	困于星晨 2026-03-12	10/500	2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 295求調(diào)劑 +3	小匕仔汁 2026-03-12	3/150	2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 289求調(diào)劑 +3	李政瑩 2026-03-12	3/150	2026-03-13 11:02 by 求調(diào)劑zz