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wexondft金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【原創(chuàng)】MS的過渡態(tài)搜索方法不合理！ 已有12人參與
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MS的的DMol和CASTEP模塊中提供的LST/QST搜索過渡態(tài)的方法不合理！ 其利用RMS的收斂標(biāo)準(zhǔn)不能保證每個原子上的力都收斂，也就是無法滿足鞍點的要求。 因此用LST/QST方法找過渡態(tài)一定要小心，通常得到的能壘是高估的。 在DMol中最好用Eigenvector following找過渡態(tài)�。�！ 歡迎討論！ |
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fzx2008: 金幣+3, 謝謝指教！ 2012-11-20 20:54:08
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fzx2008: 金幣+3, 謝謝指教！ 2012-11-20 20:54:08
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ts optimization一般選擇生成hessian矩陣之后的最小正頻率，而不是選擇虛頻。所以正常情況下是不會把所有虛頻消除的。只有在過渡態(tài)計算發(fā)現(xiàn)有不止一個虛頻時才需要選擇負頻率進行ts optimization。 對于含多個原子的表面等復(fù)雜結(jié)構(gòu)，superimpose structures本來就沒辦法勾選，但是照樣可以對ts search的結(jié)果進行ts confirmation，你說的不太對。 ts optimization和ts confirmation都是關(guān)聯(lián)于ts search的獨立過程，所以ts confirmation不能，也沒必要在ts optimization之后算，這一點你說的是對的。 |
17樓2012-11-20 19:30:28
charityqi
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14樓2011-03-21 21:10:48
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lvjian8596(金幣+3):感謝交流！ 2010-07-07 22:25:48
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lvjian8596(金幣+3):感謝交流！ 2010-07-07 22:25:48
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DMol中找過渡態(tài)要 先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods 再進行 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 最后再 TS Confirmation - produces a refined reaction path based on an LST or QST search |
2樓2010-07-07 22:09:22
cmwangdft
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3樓2010-07-07 23:10:55
akashia
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請問您說的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具體是怎么操作的啊？我先是TS Search（同時計算頻率）找到了一個過渡態(tài)，然后該怎么操作呢？ 提示：In order to perform a TS Optimization caculation, a Hessian matrix must be present in the model.A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 其中所提到的model是指哪個呢？ |
4樓2010-07-08 09:55:38
cherrily
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5樓2010-07-08 10:13:14
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daochunhan1327
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10樓2010-11-06 13:59:54
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