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wexondft金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【原創(chuàng)】MS的過(guò)渡態(tài)搜索方法不合理！ 已有12人參與
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MS的的DMol和CASTEP模塊中提供的LST/QST搜索過(guò)渡態(tài)的方法不合理！ 其利用RMS的收斂標(biāo)準(zhǔn)不能保證每個(gè)原子上的力都收斂，也就是無(wú)法滿足鞍點(diǎn)的要求。 因此用LST/QST方法找過(guò)渡態(tài)一定要小心，通常得到的能壘是高估的。 在DMol中最好用Eigenvector following找過(guò)渡態(tài)�。。� 歡迎討論！ |
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
fzx2008: 金幣+3, 謝謝指教！ 2012-11-20 20:54:08
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
fzx2008: 金幣+3, 謝謝指教！ 2012-11-20 20:54:08
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ts optimization一般選擇生成hessian矩陣之后的最小正頻率，而不是選擇虛頻。所以正常情況下是不會(huì)把所有虛頻消除的。只有在過(guò)渡態(tài)計(jì)算發(fā)現(xiàn)有不止一個(gè)虛頻時(shí)才需要選擇負(fù)頻率進(jìn)行ts optimization。 對(duì)于含多個(gè)原子的表面等復(fù)雜結(jié)構(gòu)，superimpose structures本來(lái)就沒(méi)辦法勾選，但是照樣可以對(duì)ts search的結(jié)果進(jìn)行ts confirmation，你說(shuō)的不太對(duì)。 ts optimization和ts confirmation都是關(guān)聯(lián)于ts search的獨(dú)立過(guò)程，所以ts confirmation不能，也沒(méi)必要在ts optimization之后算，這一點(diǎn)你說(shuō)的是對(duì)的。 |
17樓2012-11-20 19:30:28
★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lvjian8596(金幣+3):感謝交流！ 2010-07-07 22:25:48
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lvjian8596(金幣+3):感謝交流！ 2010-07-07 22:25:48
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DMol中找過(guò)渡態(tài)要 先用TS Search - searches for a transition state using linear synchronous transit (LST) and quadratic synchronous transit (QST) methods 再進(jìn)行 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 最后再 TS Confirmation - produces a refined reaction path based on an LST or QST search |
2樓2010-07-07 22:09:22
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3樓2010-07-07 23:10:55
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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請(qǐng)問(wèn)您說(shuō)的 TS Optimization - searches for a transition state using eigenvector-following methods 具體是怎么操作的�。课蚁仁荰S Search（同時(shí)計(jì)算頻率）找到了一個(gè)過(guò)渡態(tài)，然后該怎么操作呢？ 提示：In order to perform a TS Optimization caculation, a Hessian matrix must be present in the model.A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected. 其中所提到的model是指哪個(gè)呢？ |
4樓2010-07-08 09:55:38
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