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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 材料區(qū) » 晶體 » 晶體解析 » 【請教】解析結構指令說明
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日不落金蟲 (著名寫手)
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[交流]
【請教】解析結構指令說明 已有5人參與
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初學者請教問題：望解答的蟲友們，最好能具體說明一下，謝謝賜教，重金酬謝！ 1、在解析晶體結構的時候，ins或者res文件里的omit 與exti指令是什么意思，用它們的意義何在？望高手解說，謝謝！ 2、當在精修的時候，權重計算復制黏貼時，R1、wR2值減小，而GooF=S值增大；這是什么原因呢？ 當我將lst文件的most disagreeable reflections中 Delta(F^2)/esd 值大于5的用omit命令之后，精修，R1、wR2、GooF=S都降低，但是系統(tǒng)給出的權重值反而增加，將其復制黏貼精修后，又出現(xiàn)R1、wR2值減小，GooF=S值增大，這是怎么回事呢？ |
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2樓2010-07-08 10:16:23
日不落
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3樓2010-07-08 10:37:08
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4樓2010-07-08 10:59:22
hao_jian
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5樓2010-07-08 11:16:59
linhua0402313
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yunruirui(金幣+2):很詳盡，謝謝交流，希望常來 2010-07-08 14:44:42
日不落(金幣+20):謝謝熱心解答！ 2010-07-08 18:24:11
yunruirui(金幣+2):很詳盡，謝謝交流，希望常來 2010-07-08 14:44:42
日不落(金幣+20):謝謝熱心解答！ 2010-07-08 18:24:11
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1、在解析晶體結構的時候，ins或者res文件里的omit 與exti指令是什么意思，用它們的意義何在？ 解答：omit指令是使用于刪除某些衍射點使之不參與結構修正以及Fourier計算，它的格式有兩種，一種刪除某些設定的角度之間的衍射點，另一種是刪除某些特殊的衍射點； exti是使用于校正因二次消光引起的衍射點強弱的衰減，在xl修正中，若消光比較嚴重而ins文件中沒有設置exti時，系統(tǒng)將給出提示 2、當在精修的時候，權重計算復制黏貼時，R1、wR2值減小，而GooF=S值增大；這是什么原因呢？ 解答：權重的調節(jié)是等到你的晶體解析差不多的時候，也就是空間群用platon檢查沒有問題了，R1、wR2值也基本符合條件再去調節(jié)的，一般只要復制res文件中的權重值到ins文件中再xl就可以了，除非結構還沒有解析完好，或者晶體數(shù)據(jù)本身就不好，否則GOF值一般接近于1，最好不要再解析過程就去調節(jié)權重值，這樣根本就不是很準確。 |
6樓2010-07-08 11:56:42
7樓2010-07-08 14:45:49
日不落
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8樓2010-07-08 18:26:59
linhua0402313
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wsht212(金幣+2):謝謝交流，希望常來！ 2010-07-08 22:38:52
日不落(金幣+10):謝謝熱心解答，望不吝賜教，謝謝！ 2010-07-09 09:45:29
wsht212(金幣+2):謝謝交流，希望常來！ 2010-07-08 22:38:52
日不落(金幣+10):謝謝熱心解答，望不吝賜教，謝謝！ 2010-07-09 09:45:29
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你只要移動一次復制黏貼res文件中的權重值到cif進行xl就可以了，如果再繼續(xù)進修，權重就會不斷的改變，一般GOF接近1最好，也不一定都要接近于1，有些文獻上就沒有接近1。基本不大于1.3都可以，主要看晶體數(shù)據(jù)，還有就是你有沒有刪除一些東西，比如角度或者衍射點等等，這些都會影響權重， 如果是實在要是使GOF值接近于1，可以手動調節(jié)權重值，使它接近于1 |
9樓2010-07-08 18:55:51
日不落
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由于心急畢業(yè)，對晶體方面又不懂，同課題組中其他成員和老師都是有機方面的，對這方面一點都不沾邊，所以就匆匆投了一篇文章，幾個小時后，編輯者給我修改的意見，其中最重要的是：a systematic error for the reflections in the resolution shell 0.93-0.89 A (see SHELXL output file - most disagreable reflections). This is a source of large peaks and holes in the final difference Fourier map. The data have to be reprocessed and the scaling procedure carrefully checked.于是我就將一些衍射點用omit指令，GooF從1.276降到1.1幾了，但是權重也改變了，再權重計算時，GooF又升為1.27了，（我是從Delta(F^2)/esd大于5以上的用omit），而且Delta(F^2)/esd 中又有很多大于5的。請問這該怎么辦呀？謝謝賜教。 |
10樓2010-07-09 09:44:47
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