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日不落金蟲(chóng) (著名寫手)
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【請(qǐng)教】解析結(jié)構(gòu)指令說(shuō)明 已有5人參與
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初學(xué)者請(qǐng)教問(wèn)題：望解答的蟲(chóng)友們，最好能具體說(shuō)明一下，謝謝賜教，重金酬謝！ 1、在解析晶體結(jié)構(gòu)的時(shí)候，ins或者res文件里的omit 與exti指令是什么意思，用它們的意義何在？望高手解說(shuō)，謝謝！ 2、當(dāng)在精修的時(shí)候，權(quán)重計(jì)算復(fù)制黏貼時(shí)，R1、wR2值減小，而GooF=S值增大；這是什么原因呢？ 當(dāng)我將lst文件的most disagreeable reflections中 Delta(F^2)/esd 值大于5的用omit命令之后，精修，R1、wR2、GooF=S都降低，但是系統(tǒng)給出的權(quán)重值反而增加，將其復(fù)制黏貼精修后，又出現(xiàn)R1、wR2值減小，GooF=S值增大，這是怎么回事呢？ |
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huahua1216
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2樓2010-07-08 10:16:23
日不落
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3樓2010-07-08 10:37:08
huahua1216
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4樓2010-07-08 10:59:22
hao_jian
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5樓2010-07-08 11:16:59
linhua0402313
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yunruirui(金幣+2):很詳盡，謝謝交流，希望常來(lái) 2010-07-08 14:44:42
日不落(金幣+20):謝謝熱心解答！ 2010-07-08 18:24:11
yunruirui(金幣+2):很詳盡，謝謝交流，希望常來(lái) 2010-07-08 14:44:42
日不落(金幣+20):謝謝熱心解答！ 2010-07-08 18:24:11
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1、在解析晶體結(jié)構(gòu)的時(shí)候，ins或者res文件里的omit 與exti指令是什么意思，用它們的意義何在？ 解答：omit指令是使用于刪除某些衍射點(diǎn)使之不參與結(jié)構(gòu)修正以及Fourier計(jì)算，它的格式有兩種，一種刪除某些設(shè)定的角度之間的衍射點(diǎn)，另一種是刪除某些特殊的衍射點(diǎn)； exti是使用于校正因二次消光引起的衍射點(diǎn)強(qiáng)弱的衰減，在xl修正中，若消光比較嚴(yán)重而ins文件中沒(méi)有設(shè)置exti時(shí)，系統(tǒng)將給出提示 2、當(dāng)在精修的時(shí)候，權(quán)重計(jì)算復(fù)制黏貼時(shí)，R1、wR2值減小，而GooF=S值增大；這是什么原因呢？ 解答：權(quán)重的調(diào)節(jié)是等到你的晶體解析差不多的時(shí)候，也就是空間群用platon檢查沒(méi)有問(wèn)題了，R1、wR2值也基本符合條件再去調(diào)節(jié)的，一般只要復(fù)制res文件中的權(quán)重值到ins文件中再xl就可以了，除非結(jié)構(gòu)還沒(méi)有解析完好，或者晶體數(shù)據(jù)本身就不好，否則GOF值一般接近于1，最好不要再解析過(guò)程就去調(diào)節(jié)權(quán)重值，這樣根本就不是很準(zhǔn)確。 |
6樓2010-07-08 11:56:42
7樓2010-07-08 14:45:49
日不落
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linhua0402313
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wsht212(金幣+2):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-07-08 22:38:52
日不落(金幣+10):謝謝熱心解答，望不吝賜教，謝謝！ 2010-07-09 09:45:29
wsht212(金幣+2):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-07-08 22:38:52
日不落(金幣+10):謝謝熱心解答，望不吝賜教，謝謝！ 2010-07-09 09:45:29
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你只要移動(dòng)一次復(fù)制黏貼res文件中的權(quán)重值到cif進(jìn)行xl就可以了，如果再繼續(xù)進(jìn)修，權(quán)重就會(huì)不斷的改變，一般GOF接近1最好，也不一定都要接近于1，有些文獻(xiàn)上就沒(méi)有接近1�；静淮笥�1.3都可以，主要看晶體數(shù)據(jù)，還有就是你有沒(méi)有刪除一些東西，比如角度或者衍射點(diǎn)等等，這些都會(huì)影響權(quán)重， 如果是實(shí)在要是使GOF值接近于1，可以手動(dòng)調(diào)節(jié)權(quán)重值，使它接近于1 |
9樓2010-07-08 18:55:51
日不落
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由于心急畢業(yè)，對(duì)晶體方面又不懂，同課題組中其他成員和老師都是有機(jī)方面的，對(duì)這方面一點(diǎn)都不沾邊，所以就匆匆投了一篇文章，幾個(gè)小時(shí)后，編輯者給我修改的意見(jiàn)，其中最重要的是：a systematic error for the reflections in the resolution shell 0.93-0.89 A (see SHELXL output file - most disagreable reflections). This is a source of large peaks and holes in the final difference Fourier map. The data have to be reprocessed and the scaling procedure carrefully checked.于是我就將一些衍射點(diǎn)用omit指令，GooF從1.276降到1.1幾了，但是權(quán)重也改變了，再權(quán)重計(jì)算時(shí)，GooF又升為1.27了，（我是從Delta(F^2)/esd大于5以上的用omit），而且Delta(F^2)/esd 中又有很多大于5的。請(qǐng)問(wèn)這該怎么辦呀？謝謝賜教。 |
10樓2010-07-09 09:44:47
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