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ckm840529鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助】蛋白質(zhì)近表面靜電勢(shì)能模擬 已有2人參與
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| 長(zhǎng)期基于實(shí)驗(yàn)工作，目前需要補(bǔ)充一些相關(guān)的模擬工作，主要是對(duì)蛋白質(zhì)在不同溶劑環(huán)境（如鹽濃度，pH）中的表面及近表面的靜電勢(shì)能做模擬分析。找到了可能的模擬軟件為DelPhi和Pymol，但是小弟不才，很難入門。不知各位大蝦有沒有涉及這方面的工作，或者還有什么其他的模擬軟件可以實(shí)現(xiàn)模擬表面靜電勢(shì)能呢？感謝你們的賜教。 |
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雪狼乖乖 
木蟲 (正式寫手)
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2樓2010-07-18 20:20:54
ckm840529
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謝謝你的賜教，我聽說那個(gè)Poisson-Boltzmann方程可以用來模擬靜電相互作用，而DelPhi可以在不同條件的環(huán)境下模擬靜電勢(shì)能的變化，但是我不會(huì)用，國內(nèi)好像很少人用，自己摸索了幾天也沒成效。matlab只是數(shù)據(jù)整合工具，就像是Pymol一樣，那你說的那個(gè)CHEM3D計(jì)算的勢(shì)能是不是只是缺省值呢？（不能改變模擬參數(shù)得到可以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)的模擬值？）謝謝你的關(guān)注。 附上用DelPhi和Pymol制作的勢(shì)能圖兩張，其pH值不同，能看出表面靜電勢(shì)能也發(fā)生了改變。（好圖啊，就是我不會(huì)畫  ）  |
3樓2010-07-18 23:21:57
雪狼乖乖
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-07-19 09:55:43
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-07-19 09:55:43
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你說的是另一個(gè)問題 Poisson-Boltzmann方程一般是用于電子遷移率的計(jì)算上 國內(nèi)有人用的 建議你去閱覽帥志剛、王曙光老師的工作 他們?cè)谟?jì)算靜電勢(shì)能時(shí) 考慮了原子核的影響 PyMOL_APBS 這個(gè)軟件確實(shí)是可以計(jì)算靜電勢(shì)能的 馬路 周果宏 （首都醫(yī)科大的）曾經(jīng)寫過關(guān)于DelPhi的計(jì)算 但都沒有涉及關(guān)于PH值的計(jì)算 Poisson-Boltzmann方程 我不太了解是否能用于蛋白質(zhì)的計(jì)算 希望你閱讀了帥老師的工作 能有啟發(fā) |
4樓2010-07-19 08:33:10
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