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liuxianlv金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】MS的Amorphous cell使用出問題 已有6人參與
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各位大哥大姐請教個(gè)問題： 我想用MS的Amorphous cell建個(gè)含水和有機(jī)分子的體系，再用build-layer加到金屬表面。建不起來，我分子是用高斯優(yōu)化的，然后用GV另存為MOL引入MS的，水是直接在MS中畫的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下錯(cuò)誤。謝謝各位！   點(diǎn)YES出現(xiàn)下圖  再點(diǎn)YES   [ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ] |
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 第一性原理 | Amorphous cell |
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2樓2010-07-25 12:18:41
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7樓2010-07-26 07:51:58
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8樓2010-07-26 10:18:05
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9樓2010-07-26 12:29:44
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對我下一步是要用build layer，把金屬表面、有機(jī)分子和水溶液、水結(jié)合起來。 再動(dòng)力學(xué)研究有機(jī)分子在金屬表面的吸附。用COnfined layer文獻(xiàn)上這么用的。但是用periodic還是鍵不起來。另外用用量化我只算有機(jī)分子的參數(shù)，不是建好后算。用MS建的periodic結(jié)構(gòu)導(dǎo)入GV中鍵輸入文件，無法識(shí)別的。我用沒有優(yōu)化的結(jié)構(gòu)可以建AMORphous cell用優(yōu)化結(jié)果建就出錯(cuò)，但以前的分子用優(yōu)化結(jié)果是可以建的，包含的原子類型也相同啊。錯(cuò)誤說不清楚力場類型。那為什么沒優(yōu)化之前又可以建呢？包含的原子又沒變，只是結(jié)構(gòu)變了。O(∩_∩)O謝謝！ |
10樓2010-07-26 14:25:09
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