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liuxianlv金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】MS的Amorphous cell使用出問(wèn)題 已有6人參與
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各位大哥大姐請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題： 我想用MS的Amorphous cell建個(gè)含水和有機(jī)分子的體系，再用build-layer加到金屬表面。建不起來(lái)，我分子是用高斯優(yōu)化的，然后用GV另存為MOL引入MS的，水是直接在MS中畫(huà)的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下錯(cuò)誤。謝謝各位！   點(diǎn)YES出現(xiàn)下圖  再點(diǎn)YES   [ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ] |
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 第一性原理 | Amorphous cell |
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2樓2010-07-25 12:18:41
liuxianlv
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3樓2010-07-25 17:44:45
4樓2010-07-25 19:08:17
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5樓2010-07-25 21:44:39
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6樓2010-07-25 21:46:23
qasd
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7樓2010-07-26 07:51:58
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8樓2010-07-26 10:18:05
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9樓2010-07-26 12:29:44
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對(duì)我下一步是要用build layer，把金屬表面、有機(jī)分子和水溶液、水結(jié)合起來(lái)。 再動(dòng)力學(xué)研究有機(jī)分子在金屬表面的吸附。用COnfined layer文獻(xiàn)上這么用的。但是用periodic還是鍵不起來(lái)。另外用用量化我只算有機(jī)分子的參數(shù)，不是建好后算。用MS建的periodic結(jié)構(gòu)導(dǎo)入GV中鍵輸入文件，無(wú)法識(shí)別的。我用沒(méi)有優(yōu)化的結(jié)構(gòu)可以建AMORphous cell用優(yōu)化結(jié)果建就出錯(cuò)，但以前的分子用優(yōu)化結(jié)果是可以建的，包含的原子類(lèi)型也相同啊。錯(cuò)誤說(shuō)不清楚力場(chǎng)類(lèi)型。那為什么沒(méi)優(yōu)化之前又可以建呢？包含的原子又沒(méi)變，只是結(jié)構(gòu)變了。O(∩_∩)O謝謝！ |
10樓2010-07-26 14:25:09
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