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【求助】add solvent box問題 已有2人參與
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extensions下有個(gè)add solvent box，我想給我的體系加個(gè)周期性水盒子 我是這樣做的，先將體系的psf、pdb文件導(dǎo)入，有add solvent box進(jìn)行solvent設(shè)置，我只是在box padding設(shè)置的min、max，別的默認(rèn)，生成了一個(gè)solvent。和psf、pdb文件，但是我單獨(dú)打開solvent文件時(shí)，發(fā)現(xiàn)只是一個(gè)水盒子，原來的分子體系并沒有包含在其中 我想請(qǐng)教，這樣做哪里出了錯(cuò)？ 是不是應(yīng)該把原來的分子和水盒子進(jìn)行合并？ |
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