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ninglz木蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】RAPD引物問題求助
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在做RAPD時，需要從很多條引物中篩選到能擴增出條帶的幾十條引物，然后怎么分析呢？我只知道大體的步驟如下： 1）對于每一天引物擴增出來的條件需要轉(zhuǎn)換成0/1模式，然后怎么把所有引物擴張的條帶綜合起來呢？ 2）是不是用軟件大體分析一下每個引物擴增的條帶大小（...bp），然后按照一定的順序（比如說按照bp數(shù)從大到小）把所有引物擴增的全部條帶排列，最后轉(zhuǎn)換成0/1模式，然后再用相關(guān)的軟件進行聚類分析呢？ 要不然的話，篩了那么多條引物做啥用呢？ 請各位XDJM多多指教�。。� 說了那么多，我就是想問問：是不是最后要把所有引物擴增的條帶綜合在一起？比如說：有8組DNA（即8個品種的基因組），篩選到20條引物，最后就需要做一個0/1模式的8列表，每一列代表一組DNA，這一列的0/1模式是由20條引物以該組DNA為模板擴增的所有條帶轉(zhuǎn)換而來的，最后通過相關(guān)的軟件進行分析？ 麻煩大家啦！！�。。。。�！ |
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ninglz
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8樓2010-08-12 10:15:09
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amisking(金幣+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
amisking(金幣+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
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是不是最后要把所有引物擴增的條帶綜合在一起？ 看你干什么：找biomarker,不用綜合，看多樣性：要組合 比如說：有8組DNA（即8個品種的基因組），篩選到20條引物，最后就需要做一個0/1模式的8列表，每一列代表一組DNA，這一列的0/1模式是由20條引物以該組DNA為模板擴增的所有條帶轉(zhuǎn)換而來的，最后通過相關(guān)的軟件進行分析？ 手工作做，可以。幸虧你的不同，又是Rapd，如果給你100株，做個AFLP 或者SDS-PAGE。不弄你一個頭昏眼花才怪呢。 關(guān)于軟件分析：讀膠軟件很多，有花錢的，有免費。 就你的問題而言：一般的統(tǒng)計學(xué)軟件，很難完成分析。 最權(quán)威的Gelcomp。能夠從頭到尾，幫你完成，，尤其是1個樣品幾十條RAPD類型的組合類型。 |
3樓2010-08-11 08:03:59
ninglz
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reasonspare:條帶處理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚類方法：UPGMA 方法。如果還有一問我們可以深入探討@http://emuch.net/bbs/viewthread. ... p;page=1#pid1224340 2010-08-12 05:11:52
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您好！您好像沒有理解我的問題： 我知道需要把所有篩選出來的引物的條帶綜合其來，弄成0/1模式 我是問到底怎么綜合？？？ 對于同一個DNA模板而言，是簡單的把每條引物的擴增條帶弄成0/1模式，并機械地羅列在一起呢，還是把所有引物擴增的條帶先按照bp數(shù)大小排列，再轉(zhuǎn)換成0/1模式表呢？ 您能看明白了嗎？？？？？？？？ |
6樓2010-08-11 11:40:57
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ninglz(金幣+1): 2010-08-12 17:30:35
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你那樣的加合，肯定不對的，除非你找到有人用你的方法發(fā)表過文章，否則，還是想幫法借助軟件， 條帶處理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚類方法：UPGMA 方法。如果還有一問我們可以深入探討@http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2281755&pid=1224340&page=1#pid1224340 |
7樓2010-08-12 05:01:31
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