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superadeel新蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助/交流】土壤細(xì)菌多樣性，引物F357GC R518 PCR老是出問題，求救！ 已有6人參與
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做土壤細(xì)菌多樣性時(shí)，提的DNA用F357-GC和R518跑PCR ，能擴(kuò)出來，但是條帶很寬，很模糊，后續(xù)DGGE切膠，也是P出來很模糊，測序測不出來。 請問哪位大俠做過，經(jīng)驗(yàn)分享一下，不勝感激。按理來說這個(gè)應(yīng)該很容易做出來，不知道到我這里出了什么問題。 25ul體系：mix 12.5ul, 引物（10UM）各0.5uL，水10.5ul,模板1uL。（用Takara Ex tap 酶體系也做過） 程序：用touchdown，94度6分鐘，94度1分鐘，65-55度45秒（一循環(huán)降0.5度），72度45秒，20循環(huán)。后15個(gè)循環(huán)是94度1分鐘，55度45秒，72度45秒。最后延伸10分鐘。 [ Last edited by superadeel on 2010-9-28 at 16:58 ] |
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 土壤微生物 |
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2樓2010-09-28 17:06:31
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你是不是也參考的這篇文章？ Yu, Z. and M. Morrison (2004). "Comparisons of different hypervariable regions of rrs genes for use in fingerprinting of microbial communities by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis." Appl Environ Microbiol 70(8): 4800-4806. 我用touchdown跑出的條帶也有問題：條帶不夠亮而且出現(xiàn)非特異性條帶。 不知道還要不要繼續(xù)用touchdown。 |
8樓2012-07-06 17:22:17
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9樓2013-06-09 11:22:15
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