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lifei_dut金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】氨基酸序列三維結(jié)構(gòu)的獲得 已有2人參與
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請(qǐng)教大家，我通過實(shí)驗(yàn)得到下列氨基酸序列，能否通過軟件將他的三維結(jié)構(gòu)顯示出來？ 如果能，應(yīng)該如何做呢？ 急盼大家?guī)兔�，十分感謝。 MPTYKYSYFDVRGRGELVRYVFHAAGRDFEDDRVAREDWPSRKESTPFGQMPVLDVDGKKLAQSGAIARYAAREFDLAGKDSWEQALVDQYMGLVEDMFTEIVKVFFEKDEEKKKELQKNLAEVVFPKFCGLFEKALDQNGGKFFVGNSLTLADLAVLNAFDTPLHQHATLLDSFPKLKAHRERVMATPKLSEYIKNRKVTDI |
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
可以
★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-08-13 15:20:52
lifei_dut(金幣+5):謝謝你的解釋，要是能再詳細(xì)一下說明就更好了。 2010-08-13 17:17:53
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-08-13 15:20:52
lifei_dut(金幣+5):謝謝你的解釋，要是能再詳細(xì)一下說明就更好了。 2010-08-13 17:17:53
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直接提交到 Swiss-model自動(dòng)建模的話 可能不是十分準(zhǔn)確，最好自己手工一步步做。 既然是新測(cè)的序列，估計(jì)PDB里面沒有對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)。可以用同源模建進(jìn)行三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。 首先把你的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行blast，找到相似的結(jié)構(gòu)作為模板，序列相似性大于30%的話就可以進(jìn)行，模板可以不止一個(gè)，然后進(jìn)行序列比對(duì)，比對(duì)可能需要調(diào)整。spdbv上就有一個(gè)同源模建的專題，按照上面做一遍就會(huì)了。 |
3樓2010-08-13 15:15:56
回復(fù)
★ ★
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-08-13 15:20:43
lifei_dut(金幣+2):謝謝你的幫助，我試試看。 2010-08-13 17:18:28
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-08-13 15:20:43
lifei_dut(金幣+2):謝謝你的幫助，我試試看。 2010-08-13 17:18:28
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http://swissmodel.expasy.org/ 申請(qǐng)個(gè)賬號(hào)，用郵箱注冊(cè)，然后登陸，選擇automated mode,粘貼你的序列，submit，大約20分鐘你的郵箱就會(huì)收到信息，就可以查看已經(jīng)模擬好的結(jié)構(gòu) [ Last edited by skee2008 on 2010-8-13 at 12:22 ] |
2樓2010-08-13 12:21:55
4樓2010-08-18 08:38:29
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5樓2015-07-13 15:29:23
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