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patent至尊木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】怎樣限定兩個原子之間的距離
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我用gromacs跑受體－配體復(fù)合物的動力學(xué)，要限定受體的N原子和配體的O原子之間的距離在0.3nm左右，以便形成氫鍵，但不知怎樣限定這兩個原子之間的距離，請高手指教，謝謝�。。� 有網(wǎng)友說在top文件中加入： [distance_restraints] ; i j type index type' low up1 up2 fac 33 698 1 0 1 0.3 0.3 0.3 1 我試過，MD時報錯，說限定的兩個原子不在同一個分子內(nèi)。 請問還有其它的方法嗎，萬分感謝�。�！ |
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2樓2010-08-20 21:36:28
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