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chemlilyzhao金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】tBuOH作為溶劑，在gaussian中如何輸入？ 已有1人參與
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請(qǐng)蟲(chóng)子高手指導(dǎo)： 叔丁醇（tBuOH）做為溶劑，考慮其溶劑化效應(yīng)，采用Gaussian中IEFPCM模型計(jì)算.由于Gaussian軟件中沒(méi)有指定的介電常數(shù)，所以不知如何輸入，幫忙給出輸入的具體格式及其參數(shù)，請(qǐng)賜教！ 非常感謝！ |
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zhangmt
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chemlilyzhao(金幣+2):thank you! 2010-08-25 22:46:55
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1、自定義溶劑，通常，我不適用dielectric這個(gè)字，而是在scrf里面寫(xiě)read，然后在輸入文件的最后給出溶劑半徑、溶劑密度以及介電常數(shù) 2、關(guān)于顯示的擺放溶劑分子，其實(shí)就是在溶質(zhì)分子周?chē)鶕?jù)形成氫鍵的方式明確畫(huà)出溶劑分子，擺放合適的位置、距離，然后再行計(jì)算——因?yàn)槟欠N隱式的溶劑化模型都是比較粗糙的，只是把溶劑大環(huán)境當(dāng)成一個(gè)背景的電場(chǎng)，小環(huán)境也就是被溶質(zhì)分子占據(jù)形成一個(gè)空腔，這樣的計(jì)算，個(gè)人感覺(jué)多少有點(diǎn)不靠譜。至于怎么擺，那要具體情況具體分析，靠的是經(jīng)驗(yàn)，我一點(diǎn)不敢亂說(shuō)，只是看過(guò)而已，沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)。 |
4樓2010-08-25 21:37:54
zhangmt
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chemlilyzhao(金幣+3):多謝解答！ 2010-08-25 17:24:28
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首先呢，g09已經(jīng)提供了叔丁醇的溶劑，你只需要寫(xiě)明 scrf(iefpcm,solvent=2-Butanol)即可。 其次，如果是g03呢，你只好自定義溶劑了，給你一個(gè)數(shù)據(jù)，叔丁醇的 介電常數(shù)=15.944 不過(guò)呢，小小的擔(dān)心一下，考慮一下溶質(zhì)是否會(huì)跟溶劑形成氫鍵，如果有這個(gè)可能，那么用這種隱式的方法計(jì)算溶劑效應(yīng)可能會(huì)有很大誤差的，最好用顯式的方法，擺出溶劑分子——當(dāng)然，如果沒(méi)有氫鍵作用，就無(wú)視這句話好了。 [ Last edited by zhangmt on 2010-8-25 at 16:15 ] |
2樓2010-08-25 16:11:30
chemlilyzhao
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3樓2010-08-25 17:23:45
5樓2012-04-18 19:57:51
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