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azengjuan鐵蟲 (小有名氣)
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[交流]
【討論】含有配位鍵的金屬原子在gaussian中如何計(jì)算單點(diǎn)能
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大家好，我想用gaussian計(jì)算一個(gè)含ligand的蛋白體系的單點(diǎn)能，ligand的部分如圖： ，ligand和蛋白之間存在化學(xué)鍵，有誰知道我該怎么處理，謝謝 |
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manson1998
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2樓2010-09-14 08:53:03
azengjuan
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3樓2010-09-14 09:54:06
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azengjuan(金幣+5): 2010-09-15 09:33:45
| 看你關(guān)注的核心結(jié)構(gòu)是什么。oniom可以進(jìn)行分子力學(xué)/量子力學(xué)的混合計(jì)算。也就是對體系的不重要的部分(外層)采用低級別的計(jì)算方法(如分子力學(xué)MM),對體系的重要的部分(內(nèi)層)采用高級別的計(jì)算方法(當(dāng)然也可以分為三層，內(nèi)中外)。這樣可以大大減小計(jì)算量。 對于你的體系，建議你將ligand、蛋白的活性部位以及l(fā)igand和蛋白相連的部位化作內(nèi)層用量化的方法計(jì)算(DFT/B3LYP),其他部分作外層用MM方法。必要的話可以嘗試優(yōu)化一下得到合理結(jié)構(gòu)的單點(diǎn)能。 ONIOM的方法在gaussian里有，具體說明可參看手冊。 |
4樓2010-09-14 10:03:49
azengjuan
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5樓2010-09-15 09:35:19
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6樓2010-09-17 18:54:29
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7樓2010-09-19 08:57:44
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8樓2015-05-23 10:46:40
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